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[GROMACS] 求助 gromacs计算乙二醇聚乙烯醇(PVA)不能正常溶于水

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各位老师大佬们好。gromacs初学者,想模拟一下氯化锌(ZnCl2)溶于水-乙二醇-PVA的混合溶液在电场下锌离子和氯离子的扩散过程。在AMBER力场下建立了20*20*20(nm)的盒子,并对其先进行nvt(0.2ns)、再进行npt(1ns)平衡。结果发现nvt平衡后PVA乙二醇还能较好的分散到溶剂(水中),但是再进行npt后就发生一些团聚的现象。在实验中PVA在九十度的环境下可以溶于水中,会形成凝胶。想请教一下各位老师和大佬们,是否需要在nvt或者npt文件中加入更长的时间退火呢?还是说要提升整个体系的温度。

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发表于 Post on 2023-9-9 22:13:50 | 只看该作者 Only view this author
跟退火没关系。NVT最终都足够分散了

可能参数不合理。在此之前先尝试在NVT下继续跑1ns,看会变成什么样
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-13 12:34:50 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我现在把体系换成了仅有乙二醇和水的体系,在NVT下又跑了3ns,这两种物质也存在着聚一起的现象,想请问下老师这是什么原因

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发表于 Post on 2023-11-21 14:42:41 | 只看该作者 Only view this author
Permanence 发表于 2023-9-13 12:34
老师您好,我现在把体系换成了仅有乙二醇和水的体系,在NVT下又跑了3ns,这两种物质也存在着聚一起的现象, ...

你好 我想请教一下你的水和乙二醇的混合体系是怎么准备的呀?是先把乙二醇当做溶质,溶解到水里吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-29 15:47:02 | 只看该作者 Only view this author
秋白纳 发表于 2023-11-21 14:42
你好 我想请教一下你的水和乙二醇的混合体系是怎么准备的呀?是先把乙二醇当做溶质,溶解到水里吗?

packmol 添加的

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发表于 Post on 2024-8-30 15:04:40 | 只看该作者 Only view this author
我做实验的时候就发现PVA不能很好的溶解在水/乙二醇溶液里,会有团聚现象

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