[GROMACS] 求助使用umbrella sampling计算环糊精包合物的结合能的问题

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zhuo

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发表于 Post on 2024-8-31 14:14:02 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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请教各位老师，我在使用gromacs的伞采样计算环糊精包合物的结合能，将同一药物拉离β-CD和一种改性β-CD的空腔，产生了如图的PMF曲线，发现前者的最低点在-3kcal/mol左右，后者在-6kcal/mol左右，但PMF曲线最大值与最小值的差值明显前者更大，我能以此说明前者的结合能更大吗？最后前者的PMF曲线收敛到正值能说明什么问题呢？谢谢各位老师解答

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