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[GROMACS] 两种分散程度不一样的轨迹,将其数量化的方法求助

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如图所示,在只有水和氟啶虫酰胺的盒子里,氟啶虫酰胺只有少部分分散出去;在此基础上加入醋酸后,氟啶虫酰胺都分散开来;有没有什么方法可以将这两种情况将其数量化,最终以图表的形式来直观统计其分散程度。

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发表于 Post on 2025-3-19 11:42:49 | 只看该作者 Only view this author
可以做溶剂可及表面积(SASA),参考谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡中的第3部分——互溶与分离过程

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发表于 Post on 2025-3-19 12:27:16 | 只看该作者 Only view this author
团簇大小和数目变化

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