计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 423|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] Gaussian优化获得过渡态,验证(IRC和freq计算)时出现问题

[复制链接 Copy URL]

19

帖子

0

威望

241

eV
积分
260

Level 3 能力者

本帖最后由 xrpeng 于 2024-8-30 16:47 编辑

求助各位!
我想得到一个小分子解离的IRC,首先在SCSMP2/def2-TZVPP理论水平下优化(MP2 def2TZVPP OPT(TS NoEigenTest calcall  Maxcyc=200)  6D 10F IOp(3/125=0333312000)得到了有一个虚频的过渡态,计算频率(MP2 def2TZVPP Freq Nosymm  6D 10F IOp(3/125=0333312000)所得虚频与优化文件中的一致。用这个结构Forword和Reverse跑IRC发现能得到反应物,但产物与预期不一致,而拿这个所谓的产物P0(未完全解离)继续优化却得到了我想要的产物P(完全解离)。
我测试了一系列步长(1-9,20、30、40、50)都无法跨越P0这个结构,我所有IRC的步数都设置的足够大。
后来担心是理论水平的问题,使用DFT优化过渡态,出现的问题是我使用了calcall关键词优化(B3LYP em=GD3 def2TZVPP OPT(TS NoEigenTest calcall   Maxcyc=200) 6D 10F)得到了一个虚频的过渡态(-314.6279),但频率计算时却有两个虚频。我现在不知道如何确定是我找的过渡态有问题还是计算的关键词设置有问题

屏幕截图 2024-08-30 163928.png (270.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

DFT频率计算

DFT频率计算

1.png (250.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

DFT过渡态优化

DFT过渡态优化

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112374

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-8-31 05:58:06 | 只看该作者 Only view this author
用6D 10F又浪费时间又没任何好处
SCS-MP2用于几何优化没有什么好处,又贵而且还未必有合适的泛函靠谱。用得动MP2的情况没理由不用双杂化泛函,哪怕是很老的B2PLYP。SCS-MP2已经没有明显实际意义了,只有历史意义,启发了后来研究者把SCS的思想引入双杂化泛函里。

单纯说你的第一个问题,优化的时候把步长上限改小,以优化的结果判断未完全解离的结构在当前级别下是否存在对应的极小点。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

19

帖子

0

威望

241

eV
积分
260

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-6 10:10:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-8-31 05:58
用6D 10F又浪费时间又没任何好处
SCS-MP2用于几何优化没有什么好处,又贵而且还未必有合适的泛函靠谱。用 ...

谢谢社长提醒!其他关键词的设置主要是考虑到后续的分析,我还是想拯救一下
对于未完全解离的P0我后来进行了一些优化尝试(1楼提到的优化关键词设置为opt(Maxcyc=200, calcall)):
01.com:# MP2 def2TZVPP opt(GDIIS,Maxstep=5, notrust,calcall,maxcyc=100)  6D 10F IOp(3/125=0333312000)
02.com:# MP2 def2TZVPP opt(MaxStep=5,NoTrustUpdate,Cartesian)  6D 10F IOp(3/125=0333312000)
03.com:# MP2 def2TZVPP opt(Maxstep=5, notrust,calcall)  6D 10F IOp(3/125=0333312000)
04.com:# MP2 def2TZVPP opt(GDIIS,Maxstep=5, notrust,calcall)  6D 10F IOp(3/125=0333312000)
04_continue.com:# MP2 def2TZVPP opt(GDIIS,Maxstep=5, notrust,calcall)  6D 10F IOp(3/125=0333312000)
05.com:# MP2 def2TZVPP opt(Maxstep=5, notrust,calcall,maxcyc=200)  6D 10F IOp(3/125=0333312000)
上述计算中02、03、04、04c都存在相同的报错
Optimization stopped.
    -- Number of steps exceeded,  NStep=  22
    -- Flag reset to prevent archiving.
01、05的任务都正常结束,频率计算没有虚频,最终的产物结构是完全解离的。只是产物最后的两个解离单体摆放位置和角度不一致,但距离都挺远的,能量相差0.0x kcal/mol,事实上在优化过程中单体还发生了翻转
请问社长上述测试是否说明IRC得到的结构远非极小值点,我如何设置IRC关键词尽可能靠近解离产物呢
或者如果我不需要分析整个IRC,我已经获得的这段IRC是否能拿来进行进一步分析呢

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-24 23:49 , Processed in 0.450762 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list