求助：用CHRAMM力场模拟膜蛋白和配体体系，加离子报错SOL is redefined怎么办？

灵芝5 · 发表于 Post on 2023-3-20 21:20:50

本帖最后由灵芝5 于 2023-3-20 21:40 编辑

你好！

我正在模拟一个膜蛋白加小分子配体的复合物体系，蛋白用的CHARMM36力场，小分子先用CGENFF网站生成参数，再用网站的python脚本转化成gromacs格式。加离子的一步体系报错，ERROR 1 [file tip3p.itp, line 4]: moleculetype SOL is redefined，如下图：

请问这个怎么解决？

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-21 02:29:32

叫SOL的moleculetype被重复定义了
仔细检查拓扑文件，弄清楚moleculetype都定义了哪些。记住grompp看到的是所有被include的文件都展开后的文件

灵芝5 · 发表于 Post on 2023-3-21 10:11:14

好的，谢谢卢老师！

SPHK1 · 发表于 Post on 2024-9-10 22:04:15

本帖最后由 SPHK1 于 2024-9-10 22:06 编辑

学长好，我遇到了和你一样的问题。我尝试了一些方法：
1.检查complex.top文件里的字段顺序
2.我尝试过从生成配体拓扑这一步重新做，添加离子这一步还是相同报错；
3.改变配体的名称，依然相同报错。
请问学长当时怎么解决的？

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