位置限制后仍出现油滴分散问题

zhangfaxue · 发表于 Post on 2024-9-18 22:35:57

本帖最后由 zhangfaxue 于 2024-9-18 22:39 编辑

模型为上油滴在水中，下面有二氧化硅固体，均采用GAFF力场，跑完3ns的npt后做了100ns的NVT模拟，发现在npt的3ns就出现油滴分散，但是油滴中的组分选用的绝大部分是甲苯和烷烃分子，甲苯不溶于水应该会聚集在一起成一个油滴？于是采用的position_restraints ，限制了油组分分子，再次进行npt模拟发现依旧出现分子在几帧时间内就快速分散。请问大概会是什么原因，力场选取不合适吗？
初始模型：

分散后：

位置限制文件：

lmch · 发表于 Post on 2024-9-19 10:25:52

GAFF有固体参数？sob不是在sobtop里给了interface力场的参数，用那个。或者你用常见的clayff也行

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