GPU加速的MD模拟正常，在md.mdp中添加能量组后运行报错超过截断距离

风神Mukhta

体系为水环境下中间一个蛋白质，部分乙烷以及极少量甲烷。小分子文件使用sobtop生成，体系经过电中性、能量最小化、NVT、NPT后进行GPU加速的MD模拟。
         gmxgrompp -f mdSU7.mdp -c npt.gro -r npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md.tpr-maxwarn 1
         gmxmdrun -v -deffnm md -nb gpu

然后再重新用CPU跑一遍轨迹时

        gmxgrompp -f mdSU71.mdp -c npt.gro -r npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md1.tpr-maxwarn 1

        gmxmdrun -rerun md.trr -s md1.tpr -e md_ener.edr -o md_recalc.trr

报错显示

        Fatal error:

        86 of the 77943 bonded interactions could not be calculated because some atoms involved moved further apart than the multi-body cut-off distance (0.470528 nm) or the two-body cut-off distance (2.90213 nm), see option -rdd, for pairs and tabulated bonds also see option -ddcheck

并且生成了部分error文件，不过本人苦于读不懂问题，也不明白能量组的设置为什么会出先上述错误。看论坛内类似问题Sob老师会给出检查结构文件、mdp文件等一系列自查建议，但问题仍困扰了我好几天，请各位老师给点建议，谢谢。（压缩包内有是topol文件和一个error文件）