求助，体系中单个分子链能量变化怎么查看？

zyp1999 · 发表于 Post on 2024-9-20 11:42:34

本帖最后由 zyp1999 于 2024-9-20 11:42 编辑

各位老师好，我跑了一个多条PVDF链掺入BTO粒子的体系看PVDF链的构型变化，跑完了之后想看其中一条链的能量变化数据（不是链与链的相互作用能），我用index定义了其中一条链PVDF11，rerun的时候能量组也设置的PVDF11，但是好像我按图中选项得到的势能、总能量还是整个体系的能量？
怎么能得到单链本身的能量变化呢？

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-20 19:00:09

当前这么弄，你只能得到这条链与其余部分的非键相互作用能（注意不能用PME等涉及倒易空间部分计算的方法，因为这部分没法分解成组之间的作用）
如果要得到特定的组的成键相关项的能量，需要处理tpr和轨迹，脱掉其它部分再rerun

zyp1999 · 发表于 Post on 2024-9-22 16:18:15

sobereva 发表于 2024-9-20 19:00
当前这么弄，你只能得到这条链与其余部分的非键相互作用能（注意不能用PME等涉及倒易空间部分计算的方法， ...

谢谢sob老师回复，懂了，我试试看

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