gromacs里editconf在设置盒子大小时，可以规定盒子的体积吗？

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-9-22 15:08:55

本帖最后由 Willow0114 于 2024-9-22 15:12 编辑

我想要承接上一个模拟的pdb文件（里面有蛋白质和钙离子），继续添加新的离子然后跑gromacs，但是我在加盒子的时候，发现盒子的体积和之前不一样了（原因是，模拟中后期蛋白质两端会超出模拟的盒子，直接在此基础上新加盒子会变成更大的体积），这就导致钙离子浓度不一样。所以我想问问是否有可以指定盒子体积的操作，这样就能保证离子浓度不会变化。如果没有的话，我想的方法是根据新盒子的大小，重新计算添加的离子数量，然后计算，不知道这种操作是否合理。谢谢大家

Lance先生 · 发表于 Post on 2024-9-22 15:47:15

能固定盒子大小，但是NPT之后盒子还是会变

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-9-22 17:04:10

可以用genion直接在上一次模拟产生的.gro中加离子，不需要再设一次盒子

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-9-23 09:34:04

非常感谢

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