如何用gmx make_ndx将盒子中的不同物质分组

RovoL · 发表于 Post on 2024-9-23 10:53:57

各位老师好，我的体系是一个环糊精、乙醇和水。请问怎么用gmx make_ndx把盒子中的环糊精和乙醇和水分开？因为我发现最后模拟完，计算RMSD时，环糊精和乙醇被分为了一个组Other，不知道如何去单独计算环糊精的RMSD，或者是否还有其它更好的办法？

student0618 · 发表于 Post on 2024-9-23 11:40:56

make_ndx用对应原子序号分组，如乙醇是第一至100个原子就用
a 1-100

RovoL · 发表于 Post on 2024-9-23 11:55:59

student0618 发表于 2024-9-23 11:40
make_ndx用对应原子序号分组，如乙醇是第一至100个原子就用
a 1-100

谢谢老师，请问应该在哪个地方改呢？改之后还需要在模拟一次吗

student0618 · 发表于 Post on 2024-9-23 12:03:08

本帖最后由 student0618 于 2024-9-23 12:06 编辑

先用make_ndx 做个有环糊精组的index.ndx文件，之后rms时-n index.ndx 再选那一组。
不用再模拟，分个组就行。

RovoL · 发表于 Post on 2024-9-23 12:10:16

student0618 发表于 2024-9-23 12:03
先用make_ndx 做个有环糊精组的index.ndx文件，之后rms时-n index.ndx 再选那一组。
不用再模拟，分个组就 ...

十分感谢！！

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