计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2287|回复 Reply: 11
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Sobtop] 求助:sobtop生成的gro文件有问题

[复制链接 Copy URL]

20

帖子

0

威望

242

eV
积分
262

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 liu19950830 于 2023-9-20 13:56 编辑

我先是通过vmd把晶体结构中的配体保存为fpp_5iko.pdb,然后通过GaussView打开自动加氢,保存为gjf文件进行优化。拿优化后得到的fchk文件通过multiwfn拟合了RESP电荷,
步骤:
7 //布局分析与原子点和计算
18 //RESP模块
1 //计算标准RESP电荷

我按下图1的步骤生成配体的拓扑,通过可视化软件观察到生成gro文件时有问题,即gaussian_fpp_5iko_h.gro文件打开不在蛋白口袋内,mol2也是用GaussView保存配体gaussian_fpp_5iko_h.mol2文件,看了一下mol2文件是在蛋白口袋内的。 5ik0_protein.zip (192.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) Gaussian_fpp_5iko.pdb文件作为输入得到的gro文件在蛋白口袋内,但是原子类型对应不上得到的拓扑文件。想问下通过mol2得到的gro文件不在蛋白口袋内,问题出在什么地方。

gaussian_fpp_5iko_h.gro (2.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

gaussian_fpp_5iko_h.mol2 (2.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

gaussian_fpp_5iko_h.itp (28.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

gaussian_fpp_5iko_h.top (381 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3)
下面是pdb结构得到的gro文件 FPP_5iko_h.gro (2.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 1) FPP_5iko_h.pdb (4.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)








FPP_5IKO.chg

2.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

FPP_5IKO.zip

4.51 MB, 下载次数 Times of downloads: 0

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-9-20 09:05:00 | 只看该作者 Only view this author
那叫GaussView

"保存为fpp_5iko.mol2文件通过multiwfn拟合电荷"莫名其妙。说清楚什么电荷。如果是拟合RESP电荷,输入文件显然不能用mol2,根本没有波函数信息

别让别人猜sobtop出现的问题是什么。仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

20

帖子

0

威望

242

eV
积分
262

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-20 11:51:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-20 09:05
那叫GaussView

"保存为fpp_5iko.mol2文件通过multiwfn拟合电荷"莫名其妙。说清楚什么电荷。如果是拟合RE ...

不好意思sob老师,我可能措辞有问题,已经修改了描述

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2023-9-21 06:52:00 | 只看该作者 Only view this author
liu19950830 发表于 2023-9-20 11:51
不好意思sob老师,我可能措辞有问题,已经修改了描述

你具体用的哪个文件作为sobtop的输入文件?
如果这个文件是经历过Gaussian计算的,由于Gaussian计算过程中会自动把体系摆到标准朝向下,因此坐标会发生明显变化。除非加了nosymm以避免这种处理。见下文
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297http://bbs.keinsci.com/thread-1355-1-1.html

Multiwfn和sobtop本身不会对载入的文件里的结构做任何变化。搞清楚机制自然能弄清楚怎么回事。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

20

帖子

0

威望

242

eV
积分
262

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-21 09:18:21 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liu19950830 于 2023-9-21 09:31 编辑
sobereva 发表于 2023-9-21 06:52
你具体用的哪个文件作为sobtop的输入文件?
如果这个文件是经历过Gaussian计算的,由于Gaussian计算过程 ...

我用的是晶体结构pdb文件保存的mol2文件作为Sobtop的输入文件。我用了多个可视化软件(DiscoveryStudio, pymol, gaussian)从pdb文件中保存配体mol2多个文件作为Sobtop的输入尝试,观察了mol2文件都是在蛋白口袋内。发现如果操作:
启动Sobtop,输入ligand.mol2文件;
2 //产生GEOMACS的.gro文件。得到的gro文件就会在蛋白口袋内。

但是如果我操作:
启动Sobtop,然后依次输入ligand.mol2
7  //指定原子电荷
10  //从Multiwfn的chg文件中读取原子电荷
ligand.chg
0  //返回
2  //产生GROMACS的.gro文件。得到的gro文件就不会在蛋白活性口袋内,而是跑到蛋白外面。


想请教一下出现这种情况的原因。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2023-9-22 02:46:19 | 只看该作者 Only view this author
liu19950830 发表于 2023-9-21 09:18
我用的是晶体结构pdb文件保存的mol2文件作为Sobtop的输入文件。我用了多个可视化软件(DiscoveryStudio,  ...

把mol2里的坐标替换到chg里

chg的坐标来自于Gaussian计算得到的fch文件,没写nosymm自然里面的坐标是被平移旋转后的

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

20

帖子

0

威望

242

eV
积分
262

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-22 13:46:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-22 02:46
把mol2里的坐标替换到chg里

chg的坐标来自于Gaussian计算得到的fch文件,没写nosymm自然里面的坐标是 ...

非常感谢,明白怎么回事了。

20

帖子

0

威望

242

eV
积分
262

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-13 15:08:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liu19950830 于 2023-10-13 15:10 编辑
sobereva 发表于 2023-9-22 02:46
把mol2里的坐标替换到chg里

chg的坐标来自于Gaussian计算得到的fch文件,没写nosymm自然里面的坐标是 ...

sobl老师,我添加了关键词nosymm后再进行了优化。将来自于Gaussian计算得到的fchk文件通过gaussain view保存为mol2文件,但是和初始的gjf文件三位坐标有微小差别,请问您可以用fchk文件保存的mol2文件作为sobtop的输入文件生成拓扑吗?因为底物的构象我是通过对接保存的,我不知道优化后的构象因为变了会不会引起模拟的不准确性。是否我还是需要拿未有优化的初始结构生成拓扑呢?

4dock_fpp.pdb

7.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

未优化的初始结构

4dock_fpp2.mol2

2.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

fchk保存的mol2文件

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2023-10-13 16:07:12 | 只看该作者 Only view this author
liu19950830 发表于 2023-10-13 15:08
sobl老师,我添加了关键词nosymm后再进行了优化。将来自于Gaussian计算得到的fchk文件通过gaussain view ...

那叫GaussView

你做了优化当然和初始坐标会有差异,fchk文件里存的是优化完的坐标的

如果没有特殊情况,用fchk里的坐标就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

63

帖子

0

威望

303

eV
积分
366

Level 3 能力者

10#
发表于 Post on 2024-9-26 17:15:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-13 16:07
那叫GaussView

你做了优化当然和初始坐标会有差异,fchk文件里存的是优化完的坐标的

sob老师,fchk文件里存的是优化完的坐标,请问我是否可以用gaussview将fchk转化为pdb文件,用该pdb文件去进行packmol建模用于后续模拟?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2024-9-26 23:08:58 | 只看该作者 Only view this author
xishaofan 发表于 2024-9-26 17:15
sob老师,fchk文件里存的是优化完的坐标,请问我是否可以用gaussview将fchk转化为pdb文件,用该pdb文件去 ...

可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

63

帖子

0

威望

303

eV
积分
366

Level 3 能力者

12#
发表于 Post on 2024-9-27 15:39:26 | 只看该作者 Only view this author

谢谢sob老师回复

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 01:23 , Processed in 0.165862 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list