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[综合讨论] 求助如何分析界面上水分子偶极子方位沿表面法线方向分布统计

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请教一下各位大佬。我是用vasp模拟了一个动力学。现在我想分析界面上水分子偶极子方位沿表面法线方向分布统计,想做下面这样的图。有做过类似工作的大佬吗?能否提供一个脚本,或者有没有编程大佬能帮助我写一个后处理脚本。感激不尽,有偿报答。





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发表于 Post on 2024-5-10 23:25:20 | 只看该作者 Only view this author
可以借用gromacs自带的gmx h2order,要么自己写VMD tcl脚本
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2024-5-12 18:53:27 | 只看该作者 Only view this author
我就是专门做这一块的,据我所知,大家都是自己编写脚本算的,没有现成的
其实也不难,在z方向上分区域,统计每一块里水分子的个数和角度,角度是通过向量夹角的计算公式得到

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发表于 Post on 2024-10-3 23:01:05 | 只看该作者 Only view this author
请问解决了嘛 求一个脚本

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