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[GROMACS] 使用TraPPE UA力场模拟分子筛中CH4扩散时,CH4却不发生扩散

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各位老师好,我模拟的体系是MFI分子筛中CH4分子的扩散。

我使用sobtop产生了MFI的itp文件,使用联合原子模型描述CH4。

MFI和CH4的结构文件是通过MS做吸附获得后,删除了CH4分子的氢键,只保留碳原子。

我将描述ch4原子TraPPE UA力场参数和MFI的itp文件,atomtypes 都整合在了top文件中,没有include别的力场或者itp,并且冻结了MFI(由于mix.gro文件中残基名都是MOL,因此我将100个甲烷的残基名修改为MOT,然后冻结MOL.)。

使用NVT系综模拟。但是模拟的甲烷分子基本不发生扩散,正常的扩散系数在-8次方数量级(m2/s)。想请各位老师看一下我是哪里出错了,以下是我的输入文件。




202406262307446108..png (15.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

MSD

MSD

202406262306574183..png (17.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

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202406262306479142..png (25.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

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md.mdp

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mix.gro

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2#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-8 11:05:05 | 只看该作者 Only view this author
已经解决,对客体分子和分子筛进行分开控即可。

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