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[GROMACS] 关于模拟将小分子溶于自定义溶剂中出现No box information for solvent问题

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我做的内容是模拟小分子之间的分子对接,我依据的是gmx solvate -cp water.gro -cs Carbon.gro -p water.top -o conf.gro
这串代码来构建小分子A溶解于自定义溶剂中。但是在构建这个溶解模型的过程中,gromacs出现报错,报错的内容为No box information for solvent in m.gro, please use a properly formatted file。我想问下这个问题应该怎么解决?谢谢

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2#
发表于 Post on 2024-10-7 02:06:40 | 只看该作者 Only view this author
这叫命令,不叫代码,仔细看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html

你的做法不对,参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)ppt里面的例子(ppt里caffeine.gro是咖啡因的结构文件)





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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-9 11:13:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-7 02:06
这叫命令,不叫代码,仔细看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298(http://bbs. ...

感谢大神指导

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