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[GROMACS] 求助分子动力学模拟SBP+,FSI-,溶剂是ACN分子的力场选择

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老师好,我在进行分子动力学模拟之前,需要生成体系内的阴离子、阳离子、溶剂分子的itp和top文件,我的阴阳离子分别都是离子液体,SBP+,FSI-,溶剂是ACN分子,我有两个问题:(1)我是用sobtop程序去生成上述离子和分子的itp以及top文件是否合理?(2)用sobtop程序生成的itp文件是在gaff力场下的,那么我最后跑分子动力学的总的top文件里啊还要include力场文件吗?(下面附上了阴阳离子和溶剂分子的结构图、以及总的top文件的截图)

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发表于 Post on 2024-7-28 07:56:25 | 只看该作者 Only view this author
1 合理
2 你自己写了[defaults]字段就不用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-1 00:07:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-28 07:56
1 合理
2 你自己写了[defaults]字段就不用

好的,明白了,谢谢老师的指导

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发表于 Post on 2024-10-11 12:24:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-28 07:56
1 合理
2 你自己写了[defaults]字段就不用

老师我也是在sobtop上生成了乙腈分子的ACN.itp文件,但是在提交任务的时候,模拟还没进行就被kill了,也不产生报错信息,这是什么问题,是我生成的itp文件有问题吗?(因为在添加水分子的时候,警告了体系内有些原子或残基的质量和范德华半径没有被明确指定,系统自己猜测的)

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发表于 Post on 2024-10-11 19:09:26 | 只看该作者 Only view this author
Kiteliberator 发表于 2024-10-11 12:24
老师我也是在sobtop上生成了乙腈分子的ACN.itp文件,但是在提交任务的时候,模拟还没进行就被kill了,也 ...

如果用的windows版,改linux版看报错提示
如果确定是模拟不稳定而崩了,照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8检查和解决
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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