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[Gaussian/gview] 【转载】大分子的静电势处理方法(非原创)

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本帖最后由 ssp2493187 于 2017-1-10 10:18 编辑

我们遇到的分子比较大时,通过GV产生密度时速度会很慢并且一旦PC卡了就秒退了,耽误了时间还浪费电费,更可气的是如果你的PC内存特别低啥都不敢动,只能默默的看着,所以这里我分享一下我的做法。
1. 在服务器上通过cubegen命令对fchk文件操作,产生电子密度和静电势的两个cube文件,e.g.,
cubegen 0 density test.fchk Density.cube 0 h
cubegen 0 potential test.fchk Potential.cube 0 h
2. 用GV打开Potential.cube -- Cube Actions -- Load Cube (载入Density.cube)-- Surface Actions -- New Mapped Surface -- 确定即可之前在2群里交流过这个问题,版主Sob老师给出了理论的解释和依据,我在其他网站上找到了这个方法转给公社,我也试一下,结果出来再评价,请各位批评指正。谢谢!




经过我个人测试非常靠谱的方法,适合上百个原子的分子,用服务器搞定cube,GV得到静电势,感谢论坛,感谢sob老师

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发表于 Post on 2017-1-6 15:07:04 | 只看该作者 Only view this author
大分子用Mutiwfn是不是更方便,我算过150个原子的分子还是很快的
且功能比gview更全面。

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发表于 Post on 2017-1-6 17:39:30 | 只看该作者 Only view this author
可以在Linux图形界面上使用Linux版gview观看格点文件产生的轮廓图,毫无压力~
gcq#413: "I know poetry is not dead, nor genius lost; nor has Mammon gained power over either, to bind or slay; they will both assert their existence, their presence, their liberty and strength again one day." (Jane Eyre in Jane Eyre by Charlotte Bronte)

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发表于 Post on 2017-1-6 20:02:01 | 只看该作者 Only view this author
Multiwfn串行计算电子密度的速度都比cubegen快很多,更不必提并行情况了,Multiwfn甩cubegen几条街,cubegen算电子密度都不支持并行
multiwfn设定格点比cubegen灵活得多,操作也更方便,根本不需要记忆命令行
除非算大体系静电势cube文件,否则cubegen和Multiwfn比根本没有丝毫存在意义
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-7 16:38:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-1-6 20:02
Multiwfn串行计算电子密度的速度都比cubegen快很多,更不必提并行情况了,Multiwfn甩cubegen几条街,cubege ...

谢谢sobereva老师的建议

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-7 16:45:42 | 只看该作者 Only view this author
我的分子600多个原子使用了各种方法,我的个人PC用Mutiwfn做这个分子的计算也是很吃力,带不动的,本着解决问题的思路找了个比较麻烦但是能解决燃眉之急的方案,当然我个人还是觉得把分子放在服务器中做Mutiwfn分析应该更快更精准吧,不过我在起步学习这个Mutiwfn,练习明白了再抛弃cubegen吧,哈哈

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发表于 Post on 2017-1-7 21:44:22 | 只看该作者 Only view this author
ssp2493187 发表于 2017-1-7 16:45
我的分子600多个原子使用了各种方法,我的个人PC用Mutiwfn做这个分子的计算也是很吃力,带不动的,本着解决 ...

对于电子密度,multiwfn算不动的情况cubegen一定算不动,对于十几核的服务器,cubegen会慢一个数量级以上。不是精准与否的问题,电子密度计算精准度都一样。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-8 09:45:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-1-7 21:44
对于电子密度,multiwfn算不动的情况cubegen一定算不动,对于十几核的服务器,cubegen会慢一个数量级以上 ...

明白了,谢谢sobereva老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-9 09:56:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ssp2493187 于 2017-1-9 10:11 编辑
sobereva 发表于 2017-1-7 21:44
对于电子密度,multiwfn算不动的情况cubegen一定算不动,对于十几核的服务器,cubegen会慢一个数量级以上 ...

sob老师,cube文件我现在是得到了,但是我发现我在用GV进行投影的时候静电势的图只有一种颜色,但是按照我这个帖子进行的小分子测试时没有问题的,确确实实做出来了,按理来说即使是Mutiwfn或者其他方式得到cube文件都应该没问题啊(我用cubegen做的),那么出现这种问题的原因应该是什么呢?(这个分子是个600多个原子组成的双层酞菁衍生物),谢谢sob老师

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发表于 Post on 2017-1-9 10:10:13 | 只看该作者 Only view this author
ssp2493187 发表于 2017-1-9 09:56
sob老师,cube文件我现在是得到了,但是我发现我在用GV进行投影的时候静电势的图只有positive的图,选择n ...

什么叫negative没有了?截个图
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-9 11:04:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-1-9 10:10
什么叫negative没有了?截个图

sob老师我之前写的有误。现在情况是小分子的成功得到静电势了,但是大分子的是只有一种颜色,计算得到cube文件的方式和服务器也没有更换,应该不是GV不识别版本的问题,实在是不清楚原因,至于negative那个我看了是自己的认识有误,I am sorry!

QQ截图20170109101141.png (245.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 46)

小分子的静电势

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发表于 Post on 2017-1-9 11:24:38 | 只看该作者 Only view this author
ssp2493187 发表于 2017-1-9 11:04
sob老师我之前写的有误。现在情况是小分子的成功得到静电势了,但是大分子的是只有一种颜色,计算得到cub ...

你把光标在图上移动一下,看看状态栏里是否显示了不同位置静电势的不同数值,如果是的话,说明静电势计算对了,但可能色彩刻度设置不合理没显示出颜色差异,你再调调色彩刻度。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-10 10:10:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-1-9 11:24
你把光标在图上移动一下,看看状态栏里是否显示了不同位置静电势的不同数值,如果是的话,说明静电势计算 ...

非常感谢sob老师,终于得到结果了,哈哈,拜谢拜谢,这段时间您提供的帮助实在是太大了,非常感激

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双层静电势图

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-10 10:18:51 | 只看该作者 Only view this author
qczgzly 发表于 2017-1-6 17:39
可以在Linux图形界面上使用Linux版gview观看格点文件产生的轮廓图,毫无压力~

谢谢您

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-10 10:19:10 | 只看该作者 Only view this author
teller3531 发表于 2017-1-6 15:07
大分子用Mutiwfn是不是更方便,我算过150个原子的分子还是很快的
且功能比gview更全面。

谢谢您的建议

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