计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2991|回复 Reply: 21
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Lammps] 已解决:lammps reaxff力场模拟界面模型高温热分解时遇到hbondchk failed的问题

[复制链接 Copy URL]

6

帖子

0

威望

67

eV
积分
73

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 李天 于 2023-8-16 19:19 编辑

各位老师,我在使用lammps reaxff力场模拟界面模型高温热分解时遇到hbondchk failed的问题。
我的模型是由炸药分子和聚合物粘结剂组成,具体建模流程为
①(ms中)炸药分子单胞compass优化-->切面-->扩胞--->forcite compass优化
②(ms中)画出聚合物粘结剂单链-->forcite compass优化-->AC模块compass力场混合多条粘结剂链
③利用ms中的build layer模块组合上下两层界面模型


此时ms中的模型密度达不到混合物的计算理论密度,且通过调整上下两层的真空层距离和晶胞大小也达不到理论密度。于是我ms建立完模型后,输出data,利用lammps npt系综,在界面上下两层z轴方向施加压力,压缩盒子到模型理论密度。压缩后弛豫先跑了nvt 300k 10ps和npt 300k 0bar 10ps,模型已经达到平衡,且模型结构和密度未发现问题,力场适合。
接着跑nvt高温热分解,2500k 2750k 3000k 等温度。发现2500k并行20核可以成功跑完300ps,但是只是换了一个温度,例如3000k,就会报hbondchk failed的错误。


查找网络给出回答是可以在in文件中添加safezone mincap命令,但是回答说这会忽略hbondchk failed这个错误,治标不治本。
所以具体问题出在哪里,想不通,麻烦老师们帮助解答,谢谢大家!

291

帖子

7

威望

3200

eV
积分
3631

Level 5 (御坂)

石墨

2#
发表于 Post on 2023-8-13 22:17:53 | 只看该作者 Only view this author
此帖仅作者可见
镜像空间计算模拟

6

帖子

0

威望

67

eV
积分
73

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-14 13:12:15 | 只看该作者 Only view this author
此帖仅作者可见

291

帖子

7

威望

3200

eV
积分
3631

Level 5 (御坂)

石墨

4#
发表于 Post on 2023-8-14 13:59:40 | 只看该作者 Only view this author
此帖仅作者可见
镜像空间计算模拟

6

帖子

0

威望

67

eV
积分
73

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-14 14:52:03 | 只看该作者 Only view this author
此帖仅作者可见

6

帖子

0

威望

67

eV
积分
73

Level 2 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-15 15:21:25 | 只看该作者 Only view this author
此帖仅作者可见

291

帖子

7

威望

3200

eV
积分
3631

Level 5 (御坂)

石墨

7#
发表于 Post on 2023-8-15 22:27:18 | 只看该作者 Only view this author
此帖仅作者可见
镜像空间计算模拟

109

帖子

0

威望

1737

eV
积分
1846

Level 5 (御坂)

8#
发表于 Post on 2023-8-16 01:49:28 | 只看该作者 Only view this author
此帖仅作者可见

291

帖子

7

威望

3200

eV
积分
3631

Level 5 (御坂)

石墨

9#
发表于 Post on 2023-8-16 08:15:28 | 只看该作者 Only view this author
此帖仅作者可见
镜像空间计算模拟

109

帖子

0

威望

1737

eV
积分
1846

Level 5 (御坂)

10#
发表于 Post on 2023-8-16 09:49:31 | 只看该作者 Only view this author
此帖仅作者可见

16

帖子

0

威望

223

eV
积分
239

Level 3 能力者

11#
发表于 Post on 2023-9-14 11:50:12 | 只看该作者 Only view this author
此帖仅作者可见

4

帖子

0

威望

47

eV
积分
51

Level 2 能力者

12#
发表于 Post on 2023-11-29 11:13:07 | 只看该作者 Only view this author
此帖仅作者可见

20

帖子

0

威望

799

eV
积分
819

Level 4 (黑子)

13#
发表于 Post on 2023-11-29 14:34:18 | 只看该作者 Only view this author
此帖仅作者可见

1

帖子

0

威望

51

eV
积分
52

Level 2 能力者

14#
发表于 Post on 2024-1-5 14:27:19 | 只看该作者 Only view this author
此帖仅作者可见

3

帖子

0

威望

35

eV
积分
38

Level 2 能力者

15#
发表于 Post on 2024-6-3 12:02:02 | 只看该作者 Only view this author
此帖仅作者可见

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-27 04:32 , Processed in 0.190659 second(s), 27 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list