使用lampps通过原子坐标以及晶格常数建模，建立出来的模型，原子重叠严重

悲观的乐观者 · 发表于 Post on 2024-10-21 16:22:55

通过在MaterialsProject网站上下载硼原子颗粒的cif文件的晶胞模型，通过VESTA软件获取晶胞中的晶格常数原子坐标等信息，然后利用lammos的lattice命令进行建模，导致建立的模型出现严重的原子重叠，请问是什么原因啊！！！

model_B.txt (1.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

B.data (84.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

Graphite · 发表于 Post on 2024-10-21 17:18:25

你都有一个完整晶胞数据了，直接replicate扩胞不就行了吗

悲观的乐观者 · 发表于 Post on 2024-10-21 18:57:35

Graphite 发表于 2024-10-21 17:18
你都有一个完整晶胞数据了，直接replicate扩胞不就行了吗

cif文件用MS转换不成data文件，因为相同的力场里面没有硼原子，然后用从materials project下载的cif下载的晶胞用ovito打开也是重叠

悲观的乐观者 · 发表于 Post on 2024-10-21 18:59:26

Graphite 发表于 2024-10-21 17:18
你都有一个完整晶胞数据了，直接replicate扩胞不就行了吗

Graphite · 发表于 Post on 2024-10-21 20:45:54

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Lattice="5.0503745079 0.0000000000 0.0000000000 2.6733447412 4.2847999446 0.0000000000 2.6733447412 1.4830610784 4.0199552737" Origin="18.6126423665 41.866173119 41.866173119" Properties=I:1:pos:R:3
B 0.010308000 0.654034000 0.010308000
B 0.010308000 0.010308000 0.654034000
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B 0.778870000 0.778870000 0.369542000

复制代码

保存为xyz文件，用ovito打开是正常的。

悲观的乐观者 · 发表于 Post on 2024-10-21 21:45:42

Graphite 发表于 2024-10-21 20:45
保存为xyz文件，用ovito打开是正常的。

您好，我复制了您的代码，然后将其保存为xyz文件发现结果在我电脑上还是错误的，结果如下图。也可能是我理解错了，所以我又用MS以及ovito进行了转换成xyz文件，结果为MS无法导出xyz，ovito导出的xyz结果还是原子重叠。

Graphite · 发表于 Post on 2024-10-21 23:02:57

悲观的乐观者发表于 2024-10-21 21:45
您好，我复制了您的代码，然后将其保存为xyz文件发现结果在我电脑上还是错误的，结果如下图。也可能是我 ...

我不理解你在干什么...

悲观的乐观者 · 发表于 Post on 2024-10-22 08:44:32

Graphite 发表于 2024-10-21 23:02
我不理解你在干什么...

谢谢您对我的回复，我对lammps的in文件进行了调试，发现模型应该没有问题，应该是ovito里面自己默认的半径有问题，原子应该没有重叠。还是非常感谢您对我进行解答，我刚刚入门分子模拟，一些做法可能比较抽象，希望您多担待。感谢感谢！

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