多条分子链的模拟如何让初始结构保持相同的空间位置

Sunca

我做的是不同乙酰基含量的10条多糖链的模拟：我是先得到单链，然后10条链的空间位置是由软件随机生成的，所以每次模拟体系多糖链的初始位置并不相同。这会导致我模拟的结构无法做横向对比，我想让每个模拟体系的10条链初始空间位置一样，只是链上的取代基数量不一样，应该怎么实现这一目的？希望有经验的大佬能够帮忙解答一下

dzdhp

其实你这个担忧不是什么大问题，延迟一下模拟时长就好了。想让初始位置大致相同（没办法一模一样，毕竟你分子也变了），可以先创建一个xyz.dat文件，然后在里面编辑，比如你有10条链:
1 1 1
2 2 2
....
10 10 10
文件内每一行是指定分子插入的xyz坐标(插入的是你分子的原点坐标，所以想把每种体系插得差不多，你不同取代的多糖原点坐标需一致），想插哪里去自己定义。然后用命令，比如：gmx insert-molecules -box 10 10 10 -ci 你的多糖.pdb -o new.box -ip xyz.dat。

或者用简单的方法一个个挪，你先用ediconf把多糖置于盒子中心，然后用translate命令平移到一个位子，然后再把一个多糖置于中心，再平移到另外一个位子，如此重复十次，你就可以得到一个梦中情盒！鉴于你有不同体系，所以最好写个简单的脚本循环一下

Sunca

dzdhp 发表于 2024-10-21 10:04
其实你这个担忧不是什么大问题，延迟一下模拟时长就好了。想让初始位置大致相同（没办法一模一样，毕竟你分 ...

您的意思是分子初始位置对最终结果的影响并不大吗？如果不大我的话我还是想用随机插入的方式，因为我看的关于多个大分子聚集的文献初始结构都是采取随机插入的方式而不是规整的排列

Graphite

并不会使得模拟不能横向对比，达平衡之后都是无序的。采样的目的无非是尽可能遍历相空间的各处，至于从哪个点出发并不重要（而且毕竟都不是一个物质，就算初始骨架位置一样，在相空间上的“位置”也不等同）。
如果你不放心 : 跑的时间足够，或者每种物质做数个平行模拟（只是初始随机位置不同/初始速度不同），然后做完了算平均值和标准差就是。

dzdhp

Sunca 发表于 2024-10-21 20:38
您的意思是分子初始位置对最终结果的影响并不大吗？如果不大我的话我还是想用随机插入的方式，因为我看的 ...

对，看四楼大佬的详细解释