FCclasses3输入文件生成脚本+ORCA旋轨耦合提取脚本

wal

当时是为了拿到内坐标模式的Huang-Rhys因子学的FCclasses3.0.4，结果发现他跟笛卡尔坐标算的半斤八两，但是学的时候发现这个程序算Kr，Kic之类的速率还挺好用的，就是设置输入文件有一点点麻烦。
我是绝对的懒狗，比起花5分钟用笨办法操作完我更愿意花半小时研究怎么偷懒遂跟GPT讨论了一会，写了一个时尚小垃圾，来完成机械重复性工作。

qfc.sh (9.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

2024-10-24 18:04 上传 Uploaded

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使用方法：首先确定FCclasses的变量已经配置好。把要用的两个fchk文件放好，在目录下创建FCclasses计算文件夹，例如FchkFiles/IC，在IC文件夹内启动该脚本(脚本是去当前目录的上一级目录找fchk文件的)，然后选择主功能1，之后按照提示进行操作。创建好之后可以自行手动调整输入文件格式，也可以用主功能4直接提交。有时候Kic和Kr都要算，或者笛卡尔坐标算出负数速率，想换内坐标，可以用主功能0切换到新路径如FchkFiles/EMI，再用主功能1，这样可以不用再指定一次基态文件与激发态文件。
目前只支持自动生成EMI，OPA，IC三种输入文件，因为别的我还不太会算计划以后把ISC也加上。

-10.22 更新-
添加了-g和-e两个命令行参数，后面跟你的两个fchk文件的路径，用于如果基态与激发态的任务不在一起算的情况下，来指定fchk文件。
g=ground state 或是NR0任务中能量较低的态 e=excited state 或是NR0任务中能量较高的态
注意：由于fcclasses软件的gcc工具只能接受相对路径，给他绝对路径会报错，所以我采取的写法是让脚本接收路径后把这两个fchk文件复制到上一级目录，后面一切照旧。

-10.24 更新-
bug修复：修复了计算IC和EMI时state1和state2顺序没调整过来的问题，警惕GPT干活时把已经调试好的代码偷梁换柱
增加了NR0选项，但目前能量差和旋轨耦合矩阵元只支持自己输入。
注：读入NR0所需的文件时，脚本记录的标签是"能量较低的态"(作为state1)和"能量较高的态"(作为state2)

ORCA的SOC矩阵元提取脚本写出来了，但是GPT写bash的正则和数学运算太笨了，没讲两句就拐到python上，于是就写成了python的，顺便给加了个gui界面和出图功能
soc.py (12.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

2024-10-24 22:22 上传 Uploaded

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需要tkinter库(UI)和matplotlib库(绘图)

因为有UI界面就不详细介绍用法了。重组能不是必填项，如果填了可以按照marcus速率公式计算电子转移速率
怎么整合进FCclasses脚本容我再研究研究

zsu007

谢谢楼主的分享！

cokie

FCclasses计算ISC，可以参看一下社里kalinite的个人blog（https://www.homechemer.com/computchem/9），里面还有一个自动生成ISC输入文件的脚本

wal

cokie 发表于 2024-10-23 14:07
FCclasses计算ISC，可以参看一下社里kalinite的个人blog（https://www.homechemer.com/computchem/9），里 ...

这个我看了，kalinite老师的脚本是用了dalton的输出文件，因为我刚接触不太熟dalton，再加上这个软件会的人也不多，所以我打算写成使用orca的输出文件读取对应信息

cokie

wal 发表于 2024-10-23 17:29
这个我看了，kalinite老师的脚本是用了dalton的输出文件，因为我刚接触不太熟dalton，再加上这个软件会的 ...

加油！
只可惜FCclasses的ISC计算不支持加入HT效应，MOMAP也不支持，ORCA算三个态又太慢。