计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 42|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Amber] 求助 运行nvt平衡时报错 晶胞的尺寸不对

[复制链接 Copy URL]

19

帖子

0

威望

97

eV
积分
116

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
运行pmemd.cuda -O -i eq4.in -o eq4.out -p ../c_box.prmtop -c eq3_1.rst7 -r eq4.rst7 -inf eq4.info -ref eq3.rst7 -x eq4.dcd
发生报错
| ERROR:   a must be in the range of  0.10000E+01 to  0.10000E+04!| ERROR:   b must be in the range of  0.10000E+01 to  0.10000E+04!| ERROR:   c must be in the range of  0.10000E+01 to  0.10000E+04! Input errors occurred. Terminating execution.


试了下用sander运行同个任务也报错
Ewald PARAMETER RANGE CHECKING:  parameter a: (unit cell size)  has value  0.11999E+04 This is outside the legal range Lower limit:  0.10000E+01 Upper limit:  0.10000E+04 Check ew_legal.h


应该是晶胞大小的问题,但这个参数要在哪里改呀 或者怎么加入in文件呀
现在in文件是这样的
7md.in &cntrl  imin = 0, nstlim = 1000000, dt = 0.001,  irest = 1, ntx = 5, ig = -1,  temp0 = 298.0,  ntc = 2, ntf = 2, tol = 0.00001,  ntwx = 10000, ntwe = 0, ntwr = 1000, ntpr = 1000,  cut = 8.0, iwrap = 0,  ntt =3, gamma_ln=1.0, ntb = 2, ntp = 1,  nscm = 0, barostat = 2,  ntr=1, restraintmask=':1-543', restraint_wt=1.  ioutfm=1, ntxo=2, / &ewald  nfft1 = 128,  nfft2 = 128,  nfft3 = 128, /









本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 10:45 , Processed in 0.191468 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list