（已解决）求助，有没有人用insane脚本构建体系？

路过的一只 · 发表于 Post on 2019-5-28 18:50:42

本帖最后由路过的一只于 2019-5-31 09:42 编辑

用insane脚本直接构建蛋白+膜的体系很方便，可是有个问题是，-center的命令会自动使得蛋白居中嵌入膜中……可是我想做的跨膜蛋白位置相对于居中要偏下些……-orient的命令，蛋白很可能就不在膜中……
不知道怎么才能实现我想要的位置了，求教/拱手
（已解决）

zwy123 · 发表于 Post on 2023-8-11 21:30:46

怎么用insane脚本构建不对称单层膜啊，求助！

CAOPEIFANG · 发表于 Post on 2024-10-22 21:52:11

请问楼主是怎么解决的啊，刚接触粗粒化模拟，不知道该怎么用insane.py使得蛋白质的跨膜区域正好在膜内

CAOPEIFANG · 发表于 Post on 2024-10-22 22:38:41

CAOPEIFANG 发表于 2024-10-22 21:52
请问楼主是怎么解决的啊，刚接触粗粒化模拟，不知道该怎么用insane.py使得蛋白质的跨膜区域正好在膜内

解决了，-dm: 相对于膜移动蛋白质。只需要在命令加：-dm -5.0，意思是将蛋白质向下移动 5.0 nm

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[粗粒化/DPD] （已解决）求助，有没有人用insane脚本构建体系？