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[综合交流] 求助-计算葡萄糖在石墨烯表面的结合自由能选择什么软件模拟合适

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我想首先,模拟葡萄糖在石墨烯表面如何吸附,然后在计算其吸附自由能,请问NAMD和gromacs哪个比较合适,抑或者QE更合适

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发表于 Post on 2024-10-23 12:13:44 | 只看该作者 Only view this author
CP2K基于DFT(如PBE-D3(BJ))做最合适,又免费又巨快,结合Multiwfn创建输入文件又很容易上手和使用。北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)里专门讲了表面体系的计算、自由能的热力学量的计算
QE太慢

GROMACS等基于力场的程序也可以用,但是精度明显不及DFT,而且还牵扯创建拓扑文件的麻烦过程。
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-23 20:51:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-23 12:13
CP2K基于DFT(如PBE-D3(BJ))做最合适,又免费又巨快,结合Multiwfn创建输入文件又很容易上手和使用。北京 ...

ok,谢谢你,我再去下载一个CP2K

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