md，dft模拟软件是否有些功能只能cpu用，显卡用不了？这样的功能多么？

bobosiji

比如gmx，lammps，vasp，cp2k这些软件里cpu-only的功能多么？它们是小众的，还是影响广泛的功能呢？
据说跑md的话，nose-hoover温控只能cpu用。nose-hoover温控一般认为是模拟动态过程（包括但不限于扩散率）的金标准，不算小众了吧？
不知道伞型采样，meta-dynamics，remd（副本交换）这样的是不是cpu-only？
多谢提点~

Graphite

Nose-Hoover可以被GPU加速，LAMMPS fix nvt就有加速版fix nvt/gpu和fix nvt/kk。
增强采样不管控制部分是不是GPU加速的，它最大开销还是经典MD计算力和走步那些，后者早就实现GPU了。

LAMMPS的部分常用力场可以加速，其他不能。有些fix能被GPU或KOKKOS包加速，比如反射壁面、盒子变形、赋予恒定力、REAXFF搭配的QEQ动态电荷可以加速。但是赋予恒定速度、多尺度冲击、MC式的插入粒子、电场没加速。理论上几乎所有模块都能上GPU，纯粹看开发者有没有意愿去写。

本质上是看性能有没有用在刀刃上，也就是力场、动力学走步、控温控压这些对每个原子进行实际操作的计算。
如果你走了10万步，力场走步等花了100s，附加伞型势花了5s，启动准备/杂项花了3s，但是每100帧输出一次巨大纯文本轨迹，花了200s...那也白瞎。

sobereva

Nose-Hoover都已经是过时的热浴了，完全不算什么金标准。如今主流的是v-rescale（CP2K、ORCA里叫CSVR），gmx里支持GPU加速，比Nose-Hoover更普适