求助模拟蛋白两条链，做npt平衡的时候两条链之间突然就分开了

watermelon_ · 发表于 Post on 2024-10-26 10:17:12

我在模拟蛋白（同一个PDBid）的两条链时，在做heat结束之后，做npt平衡的时候，两条链之间突然就分开了，请问这是什么原因(⊙ˍ⊙)？

watermelon_ · 发表于 Post on 2024-10-26 10:25:09

我加了restraint_wt，从5加到1000，两条链还是会分开

c00jsw00 · 发表于 Post on 2024-10-26 17:53:50

解決方式:
(1)看看兩個蛋白質大小..假如都很小且接觸面積爆小..你的模擬是合理的
(2)你是否忘記SSBOND?

watermelon_ · 发表于 Post on 2024-10-28 11:24:38

c00jsw00 发表于 2024-10-26 17:53
解決方式:
(1)看看兩個蛋白質大小..假如都很小且接觸面積爆小..你的模擬是合理的
(2)你是否忘記SSBOND?

看了下接触面接触的面积还是比较多的蛋白的pdbid是1x86的A和B链，然后文件也没写ssbound~~~
我试试换gmx跑吧

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[Amber] 求助模拟蛋白两条链，做npt平衡的时候两条链之间突然就分开了