如何计算某化合物与溶剂的分子间相互作用

ThunderLight · 发表于 Post on 2024-10-28 20:42:30

本帖最后由 ThunderLight 于 2024-10-28 21:45 编辑

各位同学老师好，请问如何去计算某物质在溶剂中，其与溶剂间的分子间相互作用呢？比如苯酚在石油醚或者乙腈溶剂中，苯酚与溶剂间的分子间相互作用。利用gaussian可以否？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-10-28 20:50:06

措辞太模糊。你要算的是相互作用能？相互作用自由能？还是需要对相互作用进行可视化？

ThunderLight · 发表于 Post on 2024-10-28 21:39:23

wzkchem5 发表于 2024-10-28 20:50
措辞太模糊。你要算的是相互作用能？相互作用自由能？还是需要对相互作用进行可视化？

抱歉老师，描述问题考虑不周了。
想要进行可视化分析以及计算相互作用能

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-28 23:38:10

ThunderLight 发表于 2024-10-28 21:39
抱歉老师，描述问题考虑不周了。
想要进行可视化分析以及计算相互作用能

Gaussian可以。可视化分析结合Multiwfn和VMD做。但也有可能必须额外需要牵扯到GROMACS等程序跑分子动力学采样、molclus做溶质+配位层溶剂的团簇构型搜索等情况。具体怎么算和实际研究目的有直接关系，必须交代得非常清楚

ThunderLight · 发表于 Post on 2024-10-29 08:56:26

sobereva 发表于 2024-10-28 23:38
Gaussian可以。可视化分析结合Multiwfn和VMD做。但也有可能必须额外需要牵扯到GROMACS等程序跑分子动力学 ...

感谢sob老师回复。之前利用Gaussian，Multiwfn和VMD做过分子之间相互作用的可视化分析，也计算过相互作用能，有一定了解。但是对于分子和溶剂之间如何计算不太了解。
实际研究目的就是想探究溶剂与化合物之间的弱相互作用类型和强度。比如研究研究苯酚在石油醚溶剂和乙腈溶剂中的分子间相互作用，从分子水平说明萃取结果不同的机理，原因。

cokie · 发表于 Post on 2024-10-29 15:07:29

ThunderLight 发表于 2024-10-29 08:56
感谢sob老师回复。之前利用Gaussian，Multiwfn和VMD做过分子之间相互作用的可视化分析，也计算过相互作用 ...

分子和溶剂间相互作用分析，就和你做分子A与分子B间相互作用分析是一样的，只不过此时的分子B就是溶剂。
你用显示溶剂模型来做优化，然后结合IGMH、BDE等等方法做分析就好了。

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