将gromacs参数文件转换成amber参数文件，运行md没有速度

watermelon_

用gmx做了em npt nvt之后 转成amber格式去跑md
转格式的代码用的是
import parmed as pmd
#convert GROMACS topology to AMBER format
gmx_top = pmd.load_file("../topol.top", xyz="start.gro")
gmx_top.save("start.top", format="amber")
gmx_top.save("start.crd", format="rst7")


运行的in文件是
&cntrl
   imin=0, irest=1, ntx=5,
   ntpr=500000, ntwx=500000, ntwr=500000, nstlim=25000000,
   dt=0.002, ntt=3, tempi=300,
   temp0=300, gamma_ln=1.0, ig=-1,
   ntp=2, ntc=2, ntf=2, cut=9,
   ntb=2, iwrap=1, ioutfm=1,
/

输出的文件显示mdout文件显示| ERROR:   I could not find enough velocities in start.crd   
用gmx跑了一小段轨迹 抽取了好多个拓扑结构 试了下amber运行 都是没有速度 怎么办~~~~

student0618

为什么不直接gromacs跑MD或amber跑equilibration？

watermelon_

student0618 发表于 2024-10-28 22:32
为什么不直接gromacs跑MD或amber跑equilibration？

之前amber跑系统崩溃了解决不了  就拿gromacs准备的结构转成amber来试了