MMPBSA结合自由能的残基分解值能说明什么？

大头攒毛 · 发表于 Post on 2023-3-15 20:11:10

大家好，在这里有个问题想请教一下，我是用李老师编写的脚本计算的MMPBSA结合自由能及其能量分解，我对残基分解能量这部分一直有疑问，为什么得到的_pid~res_MMPBSA.dat文件中还有配体MOL的能量，不应该是配体和蛋白质周围残基之间的作用力产生的能量吗？

八月的雨季 · 发表于 Post on 2023-3-16 11:45:52

这不是很正常吗？结合能本来配体分子就有贡献的。

大头攒毛 · 发表于 Post on 2023-3-16 16:00:43

八月的雨季发表于 2023-3-16 11:45
这不是很正常吗？结合能本来配体分子就有贡献的。

我想请教一下，假如43号残基能量值为-17.8kJ/mol，而56号残基能量值为-40.4kJ/mol，而配体的能量值为-60kJ/mol，这是否能说明56号残基比43残基和配体结合得更加稳固？亲和力更强？

现在就好 · 发表于 Post on 2024-11-6 15:49:54

您好，请问可以分享一下李老师编写的脚本吗？谢谢

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[综合交流] MMPBSA结合自由能的残基分解值能说明什么？