如何优化CGenFF中penalty高的小分子

流卡瓦 · 发表于 Post on 2022-1-5 10:25:59

本帖最后由流卡瓦于 2024-4-30 14:14 编辑

我在利用gromacs进行蛋白质配体分子模拟的时候，利用CGenFF生成小分子参数，由服务器反馈回来的.str 文件中，penalty很高，超过了五十，没办法用来进行模拟，想请问一下大家，我该怎么做才能降低penalty的值。

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-5 10:34:18

说清楚什么叫优化

流卡瓦 · 发表于 Post on 2022-1-5 10:46:09

sobereva 发表于 2022-1-5 10:34
说清楚什么叫优化

我不知道我要怎么做才可以降低penalty的值，使我的小分子能用来构建蛋白配体复合物从而进行分子模拟

ggdh · 发表于 Post on 2022-1-5 19:13:14

流卡瓦发表于 2022-1-5 10:46
我不知道我要怎么做才可以降低penalty的值，使我的小分子能用来构建蛋白配体复合物从而进行分子模拟

主要是二面角的penalty高,就是说他认为猜的参数不准.可以考虑自己重新拟合二面角参数,考虑使用[ztop或者vmd中的FFTK拟合二面角参数

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-5 21:26:15

流卡瓦发表于 2022-1-5 10:46
我不知道我要怎么做才可以降低penalty的值，使我的小分子能用来构建蛋白配体复合物从而进行分子模拟

没法降低，除非你换个结构，显然这又不是你想要的了。你的体系和原有训练参数的体系特征相似性越低penalty就会越大。
如4L所说，penalty大的参数可以自己针对当前分子来自行得到（如原子电荷差可以自己算原子电荷，比如用Multiwfn算RESP或RESP2(0.5)电荷；二面角参数差可以自己拟合）

流卡瓦 · 发表于 Post on 2022-1-6 10:24:41

sobereva 发表于 2022-1-5 21:26
没法降低，除非你换个结构，显然这又不是你想要的了。你的体系和原有训练参数的体系特征相似性越低penalt ...

好的谢谢老师

流卡瓦 · 发表于 Post on 2022-1-6 10:25:08

ggdh 发表于 2022-1-5 19:13
主要是二面角的penalty高,就是说他认为猜的参数不准.可以考虑自己重新拟合二面角参数,考虑使用[ztop或者v ...

好的，我试试，谢谢

数据挖掘 · 发表于 Post on 2024-11-6 10:27:51

可以试试VMD 的 fftk 插件进行优化。

http://vmd.chenzhaoqiang.com/intro/advanceManual.html#vmdfftk

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