同源建模添加金属配体的问题

themanell · 发表于 Post on 2023-11-1 11:11:56

各位老师，我最近刚学分子对接，碰到了个问题，我用swiss-model同源建模的蛋白没有金属配体，按照文献里面的描述来的话他其实是有一个金属离子配体ZN+的，我想请问下各位老师，怎么将金属离子加入到我的蛋白模型中，便与我做后续的分子对接

LiuSX · 发表于 Post on 2023-11-2 10:39:36

这个简单，在可视化软件里将你的目标蛋白与模板蛋白叠合，然后保存，再将模板中锌离子所在行拷贝到目标蛋白后就行

themanell · 发表于 Post on 2023-11-2 14:32:48

LiuSX 发表于 2023-11-2 10:39
这个简单，在可视化软件里将你的目标蛋白与模板蛋白叠合，然后保存，再将模板中锌离子所在行拷贝到目标蛋白 ...

老师您好，感谢您的解答，但是有个问题是我这个蛋白的模板在PDB数据库里面是没有的，这个模型是我用SWISS-MODEL同源建模建的。就是我想问您还有没有其他的方法来加一个金属配体，文献里面对这个ZN连接的氨基酸描述是很清楚的。

liu19950830 · 发表于 Post on 2023-12-18 14:11:40

themanell 发表于 2023-11-2 14:32
老师您好，感谢您的解答，但是有个问题是我这个蛋白的模板在PDB数据库里面是没有的，这个模型是我用SWISS ...

看来你对swiss-model也不了解。它里面的模板就是pdb数据库的蛋白

themanell · 发表于 Post on 2023-12-18 15:52:48

liu19950830 发表于 2023-12-18 14:11
看来你对swiss-model也不了解。它里面的模板就是pdb数据库的蛋白

好的，谢谢您的解答，这个问题已经解决了

左右手 · 发表于 Post on 2024-11-12 20:19:05

themanell 发表于 2023-12-18 15:52
好的，谢谢您的解答，这个问题已经解决了

请问怎么解决的啊

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[分子对接] 同源建模添加金属配体的问题