求助：CF3I体系做分子动力学时不断键的问题，裂解过程求助

MRchu · 发表于 Post on 2024-11-11 22:52:44

初学者请教各位老师，利用cp2k做CF3I体系（CF3I、CF3I/CO2、CF3I/N2混合气体）的分子动力学模拟热解过程时，依照文献我使用了B3LYP搭配6-311G（d,p）基组、M06-2X搭配cc-TZVP基组时报错不能在基组中找到I元素相关信息，文献中提到的PWPB95搭配def2-QZVP基组，但并没有找到相关的，本人用PBE替代后进行几何优化，后跑MD，请问这样设置是否合理，设置了0.0001的电场，温度加至2000°，csvr控温，开启了OT，未开启色散矫正。麻烦各位老师不吝赐教~，in文件在附件中给各位老师列出。

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-12 11:55:31

CP2K里适合用的基组和量子化学程序里有天壤之别
用DZVP-MOLOPT-SR-GTH跑AIMD就够了，更好点用TZVP-MOLOPT-SR-GTH。用def2-QZVP严重浪费
该体现在帖子正文里的内容不要只写在标题里。
温度不够高的情况下很难在时间尺度较短的AIMD模拟中看到自发断键过程

MRchu · 发表于 Post on 2024-11-12 12:01:58

sobereva 发表于 2024-11-12 11:55
CP2K里适合用的基组和量子化学程序里有天壤之别
用DZVP-MOLOPT-SR-GTH跑AIMD就够了，更好点用TZVP-MOLOPT- ...

好的，感谢sobereva老师的解答，除此之外，我的设置是否还有问题呢，跑出来的结果是否可靠，烦请sobereva老师赐教。我将xyz文件拖入VMD中观察存在有不断键的问题，原子活动也非常有限，不知道是跑出来结果不可靠的问题还是VMD使用不当的问题。

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-12 12:54:37

MRchu 发表于 2024-11-12 12:01
好的，感谢sobereva老师的解答，除此之外，我的设置是否还有问题呢，跑出来的结果是否可靠，烦请sobereva ...

用更高温度（往往需要远高于实际反应温度，才能在很有限时间的AIMD模拟内看到现象的出现）
并且弄清楚VMD对成键的判断，下文说了
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

MRchu · 发表于 Post on 2024-11-12 15:37:44

sobereva 发表于 2024-11-12 12:54
用更高温度（往往需要远高于实际反应温度，才能在很有限时间的AIMD模拟内看到现象的出现）
并且弄清楚VM ...

非常感谢sobereva老师的解答！我去仔细学习一番

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[CP2K] 求助：CF3I体系做分子动力学时不断键的问题，裂解过程求助