VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置

sobereva

VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置

My recommended settings of VMD initialization file (vmd.rc)

文/Sobereva@北京科音

First release: 2020-Apr-1   Last update: 2023-Apr-4

VMD（http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/）是用得极为广泛的化学体系可视化程序，由于其极度灵活，有很多技巧可以使其用起来更方便。

VMD启动时会先用初始化文件对一些设置进行初始化，即执行里面的各种命令，用户也可以往里添加额外的命令。对于Windows版来说，这个文件就是VMD目录下的vmd.rc。对于Linux版来说，这个文件叫.vmdrc，VMD会先在当前目录下搜索，没有的话就去找~/.vmdrc，还没有的话去找$VMDDIR/.vmdrc（这里$VMDDIR环境变量是没有预先定义的），如果还找不到此文件，就会用默认设置。
注：Linux下的.vmdrc文件默认出现在安装目录下，比如以默认路径安装会出现为/usr/local/lib/vmd/.vmdrc，但如果不配置VMDDIR环境变量的话这个文件并不会被VMD在启动时自动载入。Linux下.vmdrc一般都是自行在用户主目录下创建。

在此我将我自己的初始化文件里的设置进行分享，其中额外添加的内容如下（放到原有内容后头即可）。下文的叙述是对撰文时最新版本VMD 1.9.3而言的。

mol default style {Lines 2.0}
display depthcue off
#color Display Background white
#axes location Off
display rendermode GLSL
display distance -8.0

proc bw {} {color Display Background white}
proc bb {} {color Display Background black}

user add key Right {animate next}
user add key Left {animate prev}
user add key Up {animate goto [expr $vmd_frame([molinfo top])+10]}
user add key Down {animate goto [expr $vmd_frame([molinfo top])-10]}
user add key b {mol bondsrecalc all; topo retypebonds}

proc bt {} {
global vmd_frame
trace variable vmd_frame([molinfo top]) w updatebond
}
proc updatebond {args} {
mol bondsrecalc all
topo retypebonds
}
proc bn {} {
global vmd_frame
trace vdelete vmd_frame([molinfo top]) w updatebond
}

proc fog {} {
display depthcue on
display cuemode Linear
display cuestart 1.75
display cueend 2.5
}

下面解释一下做这些设置有什么好处。

程序默认的显示方式是Lines，但是线的粗细太细，往往看不清楚，所以用mol default style {Lines 2.0}将默认的显示方式改为两倍粗细的Lines。

程序默认开着雾化，即让距离镜头越远的物体的颜色混入越多的背景色。这会导致在黑色背景下物体的颜色显得不够鲜艳，而在白色背景下物体又显得有点雾蒙蒙，因此用display depthcue off将雾化效果关掉。

#color Display Background white这行是被注释掉的。如果你想让VMD启动后默认就用白背景，就把#去掉。

#axes location Off这行也是被注释掉的，如果你想让VMD默认不显示坐标轴，就把#去掉。

VMD默认用称作Normal的Rendermode，但此时有些材质的显示效果很差，甚至Transparent材质根本没法正确显示出透明效果。因此通过display rendermode GLSL将默认的Rendermode设为效果好得多的GLSL。

有很多人肯定早已发现画面边缘的物体畸变得特别厉害，很难看。通过display distance -8.0语句可以充分避免。但导致一个问题就是原本在窗口左下方的坐标轴看不到了，需要坐标轴的时候可以选Display - Axes - Origin让坐标轴显示在窗口中央。

下面这两行是自定义命令。在VMD的文本窗口里输入bw（意为background white）就可以令背景立刻变为白的，输入bb就可以令背景立刻变为黑的，非常方便。
proc bw {} {color Display Background white}
proc bb {} {color Display Background black}

下面的内容是设置用户自定义快捷键。载入轨迹后，在图形窗口处于被激活的状态时（激活窗口就是鼠标点击这个窗口的意思），按左、右键就可以分别后退1帧、向前1帧，按上、下键就可以分别增加10帧、后退10帧。这使得观看轨迹方便很多。
user add key Right {animate next}
user add key Left {animate prev}
user add key Up {animate goto [expr $vmd_frame([molinfo top])+10]}
user add key Down {animate goto [expr $vmd_frame([molinfo top])-10]}

关于VMD判断原子间连接关系的问题我在《谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题》（http://sobereva.com/534）里有非常详细的说明。为了能很方便地让VMD对当前帧根据当前结构重新判断连接关系，增加了下面这句。图形窗口处于激活状态时按b键（意为bond）就能重新判断连接关系。
user add key b {mol bondsrecalc all; topo retypebonds}

如果想播放的时候实时自动更新连接关系，而不需要每次都按b键，靠以下语句可以实现。也就是定义了一个bt命令，如果在命令行窗口输入了bt，那么每当当前top体系的帧号发生了变化，就会调用updatebond命令自动来更新连接关系。这样做的代价就是对较大体系，每播放一帧都要根据距离重新判断连接关系，播放时会比较卡。
proc bt {} {
global vmd_frame
trace variable vmd_frame([molinfo top]) w updatebond
}
proc updatebond {args} {
mol bondsrecalc all
topo retypebonds
}

下面的内容定义bn命令。如果不想自动更新成键方式了，可以输入bn命令取消掉对帧号的跟踪即可。
proc bn {} {
global vmd_frame
trace vdelete vmd_frame([molinfo top]) w updatebond
}

雾化效果绝非毫无意义。只要恰当使用，就可以让近距离的物体完全不受影响，而让偏远的原子恰当地雾化，避免扰乱视觉、妨碍清楚地观看近距离的物体。下面的语句是自定义命令，只要在文本窗口输入fog，就可以打开雾化并且使用在我来看比较合适的雾化设置。如果觉得实际效果不好，需要进一步调节，可以用Display - Display Settings，修改里面的Cue Start和Cue End。
proc fog {} {
display depthcue on
display cuemode Linear
display cuestart 1.75
display cueend 2.5
}

liyuanhe211

咦？两个同名的bb命令会冲突吗？

sobereva

liyuanhe211 发表于 2020-4-1 02:57
咦？两个同名的bb命令会冲突吗？

是个bug，已改

snljty

我的rc里面加了这样几个内容。
从Multiwfn里面提供的Tachyon渲染高质量图片的命令直接加到了vmd里。
比如

1. proc Tach_MidShad {{graph_name vmdscene}} {
   
2.     render Tachyon ${graph_name}.dat \
   
3.     tachyon_WIN32.exe ${graph_name}.dat -format BMP -o ${graph_name}.bmp \
   
4.     -trans_raster3d -res 1500 1500 -mediumshade -aasamples 24 -numthreads 2
   
5. }

复制代码

然后用Tach_MidShad name就可以渲染成name.bmp。
加入了下列代码，在需要的时候用dump_view导出当前视图平移、旋转和缩放矩阵，然后拷贝下来，之后需要的时候用load_view再读取这个视图状态。
这对一系列相似结构，比如对于IRC每个点计算了某实空间函数的格点，想要批量作图，可以选择一个有代表性的结构，摆成合适的样子，导出视图状态，
自己保存下来，加入脚本，让vmd载入每一个文件时候都转成这个视图。

1. set current_view {
   
2.     {{1 0 0 0} {0 1 0 0} {0 0 1 0} {0 0 0 1}}
   
3.     {{1 0 0 0} {0 1 0 0} {0 0 1 0} {0 0 0 1}}
   
4.     {{0.322699 0 0 0} {0 0.322699 0 0} {0 0 0.322699 0} {0 0 0 1}}
   
5. }
   
6. 
   
7. proc dump_view {} {
   
8.     global current_view
   
9.     set current_view [molinfo top get {center_matrix rotate_matrix scale_matrix}]
   
10.     puts $current_view
    
11. }
    
12. 
    
13. proc set_view {view} {
    
14.     molinfo top set {center_matrix rotate_matrix scale_matrix} $view
    
15. }
    
16. 
    
17. proc body_diagonal_view {} {
    
18.     # The rotation matrix is
    
19.     # 1/sqrt(2)      0      1/sqrt(2)
    
20.     # 1/sqrt(6)  2/sqrt(6) -1/sqrt(6)
    
21.     # 1/sqrt(3)  1/sqrt(3)  1/sqrt(3)
    
22.     display resetview
    
23.     rotate x by 45
    
24.     rotate y by [expr asin(sqrt(3)/3)/atan(1)*45]
    
25.     rotate z by 30
    
26. }
    

复制代码

后面加了两个命令，用来设置视角，以及在转成体对角线视角的。

wanlichuan

SOB老师，有没有办法在vmd.rc文件里加入一些指令，使得三个窗口的初始大小和位置可以按需要设置呢？现在能查到的命令是诸如下面的：
display resize  500 500
display reposition  10  900
但是这两个命令设置的分别是OpenGL Display 窗口的大小和位置，其他两个窗口，尤其是Console窗口，完全没法自动设置（通过extensions - VMD Preference也没办法调节Console窗口）。现在只好每次打开程序都得手动调一调。
不知道SOB老师有没有办法。谢谢。

sobereva

wanlichuan 发表于 2020-4-1 18:43
SOB老师，有没有办法在vmd.rc文件里加入一些指令，使得三个窗口的初始大小和位置可以按需要设置呢？现在能 ...

从原理上来说，貌似不可能有办法

wanlichuan

谢谢社长答复。为什么从原理上来说不可能通过vmd.rc来设置呢？

sobereva

wanlichuan 发表于 2020-4-4 11:00
谢谢社长答复。为什么从原理上来说不可能通过vmd.rc来设置呢？

那个窗口是windows创建的，而VMD Main、OpenGL窗口是VMD程序创建的

wanlichuan

明白了，谢谢社长。

annaqz

社长，这个设置对VMD1.9.4也是一样的吗？为什么修改了以后，输入相关命令都是invalid呢？

sobereva

annaqz 发表于 2021-1-6 19:09
社长，这个设置对VMD1.9.4也是一样的吗？为什么修改了以后，输入相关命令都是invalid呢？

1.9.4根本都没正式发布，不要拿非正式版本说事

annaqz

好滴，明白啦。谢谢社长。

gcsun

annaqz 发表于 2021-1-6 19:09
社长，这个设置对VMD1.9.4也是一样的吗？为什么修改了以后，输入相关命令都是invalid呢？

1.9.4也是有效的，我用着没问题
仔细读“对于Linux版来说，这个文件叫.vmdrc，VMD会先在当前目录下搜索，没有的话就去找~/.vmdrc，还没有的话去找$VMDDIR/.vmdrc（这里$VMDDIR环境变量是没有预先定义的），如果还找不到此文件，就会用默认设置。Linux下的.vmdrc文件是事先不存在的，一般都是在用户目录下自行创建。“

annaqz

gcsun 发表于 2021-2-11 14:48
1.9.4也是有效的，我用着没问题
仔细读“对于Linux版来说，这个文件叫.vmdrc，VMD会先在当前目录下搜索 ...

好的，我再看一下。谢谢

lonemen

snljty 发表于 2020-4-1 10:27
我的rc里面加了这样几个内容。
从Multiwfn里面提供的Tachyon渲染高质量图片的命令直接加到了vmd里。
比如 ...

太强了，非常感谢！