求助：蛋白模拟时amber力场的问题

weiyi8061225

大家好，我有一个关于gromacs力场的问题，希望大家有时间可以帮忙解答一下，非常感谢。我在用分子动力学算蛋白的时候，用的是amber03的力场，在用pdb2gmx生成拓扑文件时，发现会出现下面的warning，之后我发现力场中会有二面角参数（其他amber力场中没有氨基酸二面角的参数，也没有出现warning），发现出现问题的CB，可能有二面角的缺失，所以我把力场中的二面角信息删掉，结果是正确的，也没有warning了，这样是否正确？
WARNING: Residue 4 named GLY of a molecule in the input file was mapped to an entry in the topology database, but the  atom CB used in an interaction of type dihedral in that entry is not found in the input file. Perhapes your atom and/or residue naming needs to be fixed.

sobereva

检查pdb里4号残基，看看是否缺了CB原子，缺的话自行补上后再用pdb2gmx。缺重原子的情况模拟结果没法要

weiyi8061225

sobereva 发表于 2020-3-19 21:10
检查pdb里4号残基，看看是否缺了CB原子，缺的话自行补上后再用pdb2gmx。缺重原子的情况模拟结果没法要

谢谢sob老师，在力场中的GLY的原子就没有CB这个原子，只有二面角中有这个CB，所以我觉得是不是二面角中的参数出现问题？所以后来把二面角的参数（其他氨基酸都没有二面角的参数，都是自动生成的）给屏蔽了，图片中是力场中的GLY参数，老师您看是不是参数有问题？

sobereva

我不知道你的力场文件是怎么回事，诸如gmx2019.5的amber03.ff目录下的aminoacids.rtp里的GLY本来就没有CB（而且对amber力场的情况也不需要定义[ dihedrals ]，因为pdb2gmx会自己生成）：

[ GLY ] ; HAx atoms assigned new ff03 atom type
[ atoms ]
     N    N           -0.374282    1
     H    H            0.253981    2
    CA    CT          -0.128844    3
   HA1    H0           0.088859    4
   HA2    H0           0.088859    5
     C    C            0.580584    6
     O    O           -0.509157    7
[ bonds ]
     N     H
     N    CA
    CA   HA1
    CA   HA2
    CA     C
     C     O
    -C     N
[ impropers ]
    -C    CA     N     H
    CA    +N     C     O

刘铮12

同学， 您的问题解决了吗，我也遇到了相同的问题

youknowdcf

这个问题是旧版gromacs里面，amber03.ff目录下aminoacids.rtp的问题，下载一个新版本gromacs里面自带的amber03.ff就可以了