求助：Gromacs伞形采样计算PMF直方图很奇怪

含光君

各位老师好，我最近进行一个单分子跨膜动力学过程的模拟，使用pull命令得到了分子移动4nm的轨迹，从轨迹中每隔0.1nm选取一个窗口，共计39个窗口进行伞形采样。
每个窗口的分子位移如下：

frame          dist          d_dist
         0     3.971        NA
         5     3.846    -0.125
        10     3.748    -0.098
        18     3.663    -0.085
        20     3.576    -0.087
        28     3.481    -0.095
        31     3.375    -0.106
        35     3.265    -0.110
        42     3.172    -0.093
        43     3.072    -0.100
        53     2.956    -0.116
        59     2.828    -0.128
        65     2.716    -0.112
        71     2.619    -0.097
        76     2.513    -0.106
        78     2.422    -0.091
        88     2.333    -0.089
        92     2.233    -0.100
        94     2.148    -0.085
        99     2.035    -0.113
       104     1.950    -0.085
       105     1.858    -0.092
       113     1.764    -0.094
       115     1.659    -0.105
       124     1.574    -0.085
       128     1.490    -0.084
       132     1.404    -0.086
       136     1.293    -0.111
       139     1.193    -0.100
       147     1.103    -0.090
       151     0.998    -0.105
       155     0.889    -0.109
       159     0.803    -0.086
       168     0.695    -0.108
       170     0.591    -0.104
       179     0.494    -0.097
       184     0.402    -0.092
       190     0.305    -0.097
       195     0.221    -0.084





然后通过命令

1. gmx wham -it tpr.dat -if pullf.dat -o -hist -unit kCal

复制代码

得到的histogram中只显示了一个窗口，而profile除了有一些地方没有采样到还算正常。


请问这是怎么回事该如何解决呢？

丁越

profile.xvg中反应坐标靠近0处的补点再跑就行，明显是采样不充分导致的

hist.xvg显示只有一个直方图那是你qtgrace用法不对，多列数据显示应当加上-nxy，即qtgrace -nxy hist.xvg

含光君

丁越 发表于 2024-8-28 08:58
profile.xvg中反应坐标靠近0处的补点再跑就行，明显是采样不充分导致的

hist.xvg显示只有一个直方图那是 ...

哦哦确实！全都解决了，谢谢大佬！

含光君

丁越 发表于 2024-8-28 08:58
profile.xvg中反应坐标靠近0处的补点再跑就行，明显是采样不充分导致的

hist.xvg显示只有一个直方图那是 ...

哦哦确实！全都解决了，谢谢大佬！

七尺贱

含光君 发表于 2024-8-28 09:30
哦哦确实！全都解决了，谢谢大佬！

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含光君

七尺贱 发表于 2024-8-28 11:48
**** 本内容被作者隐藏 ****

搜到别人写了个脚本，可以参考一下。脚本被作者插在教程文中链接里了。

http://www.mdtutorials.com/gmx/umbrella/05_pull.html

Zz123456@

您好，麻烦请问一下，后面解决后，能量图那样合理吗，我现在也遇到了同样的问题，能量曲线和您的一样，和您做的一样的体系

含光君

Zz123456@ 发表于 2024-11-11 23:08
您好，麻烦请问一下，后面解决后，能量图那样合理吗，我现在也遇到了同样的问题，能量曲线和您的一样，和您 ...

完全如2楼所说，能量图有大的跳跃是采样不充分所致

Zz123456@

含光君 发表于 2024-11-12 22:03
完全如2楼所说，能量图有大的跳跃是采样不充分所致

好的，感谢大佬，我还想请教您一个问题，做PMF前拉轨迹的时候，随着时间增加，设定两原子的距离应该是越来越小，但偶尔出现距离增加，但整体趋势时距离越来越小的，这样的轨迹计算PMF合理吗？
麻烦帮忙解答一下，感谢感谢

含光君

Zz123456@ 发表于 2024-11-13 16:35
好的，感谢大佬，我还想请教您一个问题，做PMF前拉轨迹的时候，随着时间增加，设定两原子的距离应该是越 ...

我觉得如果只是噪声幅度的波动的话，应该就没问题

Zz123456@

含光君 发表于 2024-11-14 09:25
我觉得如果只是噪声幅度的波动的话，应该就没问题

好的，感谢您的解答