计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 68|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Lammps] 求助:lammps计算msd的结果和VMD的趋势不同

[复制链接 Copy URL]

1

帖子

0

威望

11

eV
积分
12

Level 1 能力者

体系为多孔碳材料吸附NaCl水溶液,5ns

通过lammps命令计算all的msd,一直上升,而通过VMD计算RMSD后平方,曲线后续进入非线性部分。
为什么两种曲线的趋势不相同,应该那种是对的?另外不太理解为什么lammps计算出的曲线一直上升。

微信图片_20241115151506.png (21.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

微信图片_20241115151506.png

微信图片_20241115151450.png (20.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

微信图片_20241115151450.png

100

帖子

0

威望

1274

eV
积分
1374

Level 4 (黑子)

2#
发表于 Post on 2024-11-15 21:57:49 | 只看该作者 Only view this author
计算all是所有的一起算?不应该分组计算?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 7 day ago | 只看该作者 Only view this author
粒子如果能自由扩散,本来MSD就该一直上升

能用诸如gromacs的msd命令以更周全方式计算时,不建议用VMD的RMSD曲线取平方得到MSD曲线,因为此时没法自动考虑时间平均,统计误差大。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 06:42 , Processed in 0.160795 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list