求助：gmx牵引时防止溶液层整体平动

含光君

各位老师好，

我在研究胶束从溶液体相扩散至表面的过程，在模拟中用了pull命令对其质心向z轴正方向牵引。

模拟后观察轨迹发现，胶束被牵引时水层也跟着向z轴正方向移动，请问如何保持水层不沿着z轴平动呢？
我尝试仅对体系中SOL group消除质心平动，但第一步就报错了：

Step 0, time 0 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms nan, max 0.000035 (between atoms 21872 and 21870)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
  14253  14255   90.0    0.1090      inf      0.1090


不知是结构问题还是参数设置有问题，请大家多多指点~

sobereva

可以考虑对水层加个z方向的平底限制势，使得有个外势挡着水避免跟着被拉走，以令其运动范围不会超过某个z坐标范围

含光君

sobereva 发表于 2024-11-18 13:14
可以考虑对水层加个z方向的平底限制势，使得有个外势挡着水避免跟着被拉走，以令其运动范围不会超过某个z坐 ...

嗯嗯！谢谢卢老师指点