求助：在核酸模拟中，gromacs的力场包中如何添加5‘端的P、OP1、OP2 原子的拓扑

HZW · 发表于 Post on 2021-6-16 10:38:07

使用gmx官网的力场包（amber99bsc1.ff），在gromacs中利用命令g_pdb2gmx生成核酸（DNA/RNA）的拓扑结构时，PDB结构当5'端第一个碱基的P 、OP1 、OP2 这三个原子存在时，会报如下错误：

以前我模拟过程中都是直接删掉这三个原子（P 、OP1 、OP2），然后使用g_pdb2gmx即可生成力场文件，但是不知是否对模拟是否有影响。最近模拟一个DNA，不能删掉这三个原子有用。所以想问下以下两个问题寻求解答：

1.如何在力场包里边添加这三个原子的力场信息使得不删除这三个原子即能运行g_pdb2gmx
2.删除5‘端的三个原子对于核酸的模拟是否有影响，因为在PDB数据库看到好多解析的结构都是删了这三个原子（当然少部分没删）。

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-16 10:58:07

都什么年头了还用g_pdb2gmx
别用那么古董的版本当前版本pdb2gmx会问对末端残基怎么处理
根本就没必要改pdb

HZW · 发表于 Post on 2021-6-16 11:17:18

sobereva 发表于 2021-6-16 10:58
都什么年头了还用g_pdb2gmx
别用那么古董的版本当前版本pdb2gmx会问对末端残基怎么处理
根本就没必要改pd ...

好的，谢谢卢老师。昨晚您在3群里回答我了，我还没去试

HZW · 发表于 Post on 2021-6-16 11:27:56

sobereva 发表于 2021-6-16 10:58
都什么年头了还用g_pdb2gmx
别用那么古董的版本当前版本pdb2gmx会问对末端残基怎么处理
根本就没必要改pd ...

Program: gmx pdb2gmx, version 2018.8
Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/pdb2gmx.cpp (line 753)

Fatal error:
Atom P in residue DC 1 was not found in rtp entry DC5 with 28 atoms
while sorting atoms.
.

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

卢老师2018.8也是一样的，请问要用哪个版本啊
gmx_mpi pdb2gmx -f cir.pdb -o cir.gro -water tip3p

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-16 12:48:43

HZW 发表于 2021-6-16 11:27
Program: gmx pdb2gmx, version 2018.8
Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/pdb2gmx.cpp (line ...

给你个标准的例子

2m2c.rar (71.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 249)

HZW · 发表于 Post on 2021-6-16 15:25:12

sobereva 发表于 2021-6-16 12:48
给你个标准的例子

好的，非常感谢卢老师一如既往的help和不厌其烦的解答。

Tummy · 发表于 Post on 2022-2-15 12:52:43

那卢老师，AMBER14SB的力场文件有没有资源下载

snljty · 发表于 Post on 2022-2-15 13:04:51

Tummy 发表于 2022-2-15 12:52
那卢老师，AMBER14SB的力场文件有没有资源下载

http://www.gromacs.org/@api/deki/files/249/=amber14sb.ff.tar.gz

Tummy · 发表于 Post on 2022-2-15 14:21:39

snljty 发表于 2022-2-15 13:04
http://www.gromacs.org/@api/deki/files/249/=amber14sb.ff.tar.gz

非常感谢

Tummy · 发表于 Post on 2022-2-15 14:25:58

snljty 发表于 2022-2-15 13:04
http://www.gromacs.org/@api/deki/files/249/=amber14sb.ff.tar.gz

再请教一下，这些力场文件都去哪里找

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-25 23:12:01

Tummy 发表于 2022-2-15 14:25
再请教一下，这些力场文件都去哪里找

google搜就有

neutral888 · 发表于 Post on 2023-7-17 21:33:07

AMBER14SB也无法解决5‘端的P、OP1、OP2 原子的拓扑，目前有解决方法了吗？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2023-7-18 13:30:29

neutral888 发表于 2023-7-17 21:33
AMBER14SB也无法解决5‘端的P、OP1、OP2 原子的拓扑，目前有解决方法了吗？

两种方法，自己做一个5‘磷酸化末端，处理加在n.tdb里，或者用charmm36力场，新的charmm36力场自带5’磷酸化的末端处理。

Heyjay · 发表于 Post on 2024-10-25 15:36:20

喵星大佬发表于 2023-7-18 13:30
两种方法，自己做一个5‘磷酸化末端，处理加在n.tdb里，或者用charmm36力场，新的charmm36力场自带5’磷 ...

想问下老师，怎么自己做5‘磷酸化末端

Freyal · 发表于 Post on 2024-11-15 16:58:52

Heyjay 发表于 2024-10-25 15:36
想问下老师，怎么自己做5‘磷酸化末端

您好，请问一下您这个末端P原子不能识别的问题解决了嘛

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[GROMACS] 求助：在核酸模拟中，gromacs的力场包中如何添加5‘端的P、OP1、OP2 原子的拓扑