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[VMD] 如何让 VMD 批量读入 .xyz 文件并计算 SASA?

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如题,请问各位老师,我想计算在 LAMMPS 中模拟获得的结构的 SASA 值,准备使用 VMD 的内置命令。目前想的是计算出 dump 文件中的每个时刻的 SASA 值,已通过 Ovito 输出了各个时刻的 .xyz 文件,想问一下各位老师,VMD 可以批量读入这些文件并分别计算 SASA 值么,还是只能一个个手动导入并计算?感谢大家!

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发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
自己写VMD tcl脚本,没有干不了的事

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北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-19 11:35
自己写VMD tcl脚本,没有干不了的事

好吧

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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author

好好看下文,避免引起他人不悦!
向“好吧”作为句子开头宣战!
http://bbs.keinsci.com/thread-334-1-1.html
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