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[建模与可视化] chemdraw画的结构使用chem3D打开差别太大

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本帖最后由 milk_q 于 2024-11-19 18:13 编辑


大分子里的小分子药物用chemdraw中画出的这个结构在chem3D中显示成这样,这样后面半经验优化的也是错的

怎么办,怎么修改或者有其他方法画含有800个原子初始结构吗?求助

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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
先用自带的MMFF94力场优化一下再说。结构严重扭曲的情况下,几乎所有量子化学方法都会优化出无意义的结构或者报错
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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
你这两个结构完全对不上啊?上面跟长链连接的是五元环,数过来是[5666]并环,chem3D里是六元环连接,[6665]并环
F原子的位置也不对,连F的碳原子都成五根键了
下面的结构错得离谱

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 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2024-11-20 07:56
你这两个结构完全对不上啊?上面跟长链连接的是五元环,数过来是[5666]并环,chem3D里是六元环连接,[6665] ...

chemdraw画的 chemdraw3D自动生成的,结构没画错,但生成就是错的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-20 05:26
先用自带的MMFF94力场优化一下再说。结构严重扭曲的情况下,几乎所有量子化学方法都会优化出无意义的结构或 ...

sob老师 像这种生成错误的用MMFF94和MM2优化都还是错的 直接在chem3D里修改结构吗

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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
milk_q 发表于 2024-11-20 10:54
sob老师 像这种生成错误的用MMFF94和MM2优化都还是错的 直接在chem3D里修改结构吗

可以先手动适当调节,解决明显离谱的地方,然后再用力场优化
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本帖最后由 sai77 于 2024-11-20 14:23 编辑
milk_q 发表于 2024-11-20 08:18
chemdraw画的 chemdraw3D自动生成的,结构没画错,但生成就是错的

怎么可能呢?chem3D虽然有时候不靠谱,但这种结构还不至于错这么离谱
这是我刚刚画好贴到chem3D里另存的输入文件

1.gjf

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