做含磷小分子与其受体蛋白的模拟时去掉了1-4作用项，这种情况下还能分析静电作用么？

JAM452 · 发表于 Post on 6 day ago

本帖最后由 JAM452 于 2024-11-17 18:27 编辑

分子对接的结果中有部分含磷小分子。做它们及其受体蛋白的动力学模拟时,发现能量极小化的结果文件中小分子的结构异常,查帖子后我删除了pairs部分中磷相关的内容，这使我能正常结束动力学模拟，但在这种情况下做结合能分析时如何分析静电作用？
图片是结合能分析的结果，ΔEEL特别大。

sobereva · 发表于 Post on 5 day ago

[ pairs ]决定的是算哪些分子内的1-4作用，分子间相互作用该怎么算还怎么算

JAM452 · 发表于 Post on 5 day ago

本帖最后由 JAM452 于 2024-11-18 22:37 编辑

sobereva 发表于 2024-11-18 10:28
[ pairs ]决定的是算哪些分子内的1-4作用，分子间相互作用该怎么算还怎么算

谢谢老师，但是MMPBSA算出来的含磷分子的ΔEEL值（比如图片中的-145）与不含磷的分子（-60左右）相比绝对值特别大，而且在接触的虚拟筛选工作中很少见到含磷分子，这让我很困惑，您有什么建议么？

sobereva · 发表于 Post on 4 day ago

JAM452 发表于 2024-11-18 17:59
谢谢老师，但是MMPBSA算出来的含磷分子的ΔEEL值（比如图片中的-145）与不含磷的分子（-60左右）相比绝对 ...

光凭这些信息没法说，具体分子是什么结构都没展示
实在不放心的话就用量子化学方法算一下你说的两种分子的相互作用能，可以再结合sobEDAw（http://sobereva.com/685）做能量分解，检验当前MMPBSA给出的静电作用是否合理、是否两种分子理应相差那么大

JAM452 · 发表于 Post on 4 day ago

本帖最后由 JAM452 于 2024-11-19 23:59 编辑

sobereva 发表于 2024-11-19 08:06
光凭这些信息没法说，具体分子是什么结构都没展示
实在不放心的话就用量子化学方法算一下你说的两种分子 ...

谢谢老师，因为优先在处理不含磷的分子，含磷分子的MD数据只有一个，ΔEEL=-145.47，结构如图：

不含磷分子ΔEEL大多在-60左右，列如：

sobereva · 发表于 Post on 3 day ago

JAM452 发表于 2024-11-19 23:58
谢谢老师，因为优先在处理不含磷的分子，含磷分子的MD数据只有一个，ΔEEL=-145.47，结构如图：

不含 ...

那么多磷酸基，上面的氧、氢的净电荷数量级很大，本身就可能和蛋白形成很强的静电作用（氢键等），没什么必然异常。从相互作用特征上理解结果，还可以结合Multiwfn做IGM图形化分析（http://sobereva.com/407）。另外注意磷酸基的质子化态的选取的合理性

JAM452 · 发表于 Post on 3 day ago

sobereva 发表于 2024-11-20 04:25
那么多磷酸基，上面的氧、氢的净电荷数量级很大，本身就可能和蛋白形成很强的静电作用（氢键等），没什么 ...

明白了，谢谢老师解惑！

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