GROMACS模拟DNA和ligand位置限制性NVT后DNA和ligand都发生断裂

wanwan5339 · 发表于 Post on 2024-4-18 11:25:17

本帖最后由 wanwan5339 于 2024-4-19 15:38 编辑

GROMACS进行DNA和ligand位置限制性NVT后DNA和ligand都发生断裂，DNA被结构破坏，VMD打开md.gro和md.xtc的图像在下面。
mdp文件也放在附件里了。
我的pr.gro和em.gro里的DNA都是完整的，但是md.xtc里第一帧DNA就断裂了
请问我该如何解决呢？

212511059 · 发表于 Post on 2024-10-30 13:30:09

楼主你解决了吗

student0618 · 发表于 Post on 2024-10-30 13:50:46

pbc有没有用trjconv先处理好？

wanwan5339 · 发表于 Post on 2024-11-26 11:30:40

212511059 发表于 2024-10-30 13:30
楼主你解决了吗

可能是DNA链本身存在的问题，我在网站上下载其他DNA模板链，不经修改就没出现这个问题了

wanwan5339 · 发表于 Post on 2024-11-26 11:31:24

student0618 发表于 2024-10-30 13:50
pbc有没有用trjconv先处理好？

处理了，可能是DNA建模时就出现了问题，换一条DNA链就解决了

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