ORCA提交任务报错

az￥ · 发表于 Post on 2024-12-16 11:10:51

提交任务时，没有计算out文件结尾就出现以下结果，具体如附件。大家能不能帮我看一下是什么原因？谢谢

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-12-16 15:48:25

尝试增大输入文件中的内存。如果使用脚本提交到集群队列，应当同时给出队列系统的报错文件。

az￥ · 发表于 Post on 2024-12-16 20:10:30

zjxitcc 发表于 2024-12-16 15:48
尝试增大输入文件中的内存。如果使用脚本提交到集群队列，应当同时给出队列系统的报错文件。

谢谢您的回复，我使用的是脚本，不过这个脚本是我按照别的脚本自己写的，不知道能不能使用

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=s0
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=16
#SBATCH --partition=c02
##SBATCH --time=4800:00:00

export PATH=$PATH:/home/u2202183070/openmpi-4.1.6/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/u2202183070/openmpi-4.1.6/lib
export PATH=$PATH:/home/u2202183070/app/orca601
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/u2202183070/app/orca601

orca s0.inp > s0.out

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-12-16 20:15:39

az￥发表于 2024-12-16 20:10
谢谢您的回复，我使用的是脚本，不过这个脚本是我按照别的脚本自己写的，不知道能不能使用

#!/bin/bas ...

你这是提交任务的脚本，不是队列的日志文件。

az￥ · 发表于 Post on 2024-12-16 20:27:45

zjxitcc 发表于 2024-12-16 20:15
你这是提交任务的脚本，不是队列的日志文件。

我好像没写这个队列日志文件

az￥ · 发表于 Post on 2024-12-16 20:29:14

zjxitcc 发表于 2024-12-16 20:15
你这是提交任务的脚本，不是队列的日志文件。

提交时就出现这个
[u2202183070@workstation testorca]$ /home/u2202183070/app/orca600/orca s0.inp > s0.out
^C
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 394]:
.... aborting the run

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-12-16 20:51:01

az￥发表于 2024-12-16 20:29
提交时就出现这个
$ /home/u2202183070/app/orca600/orca s0.inp > s0.out
^C

你在6L展示的是你直接提交到当前节点，但你在3L又展示了提交到队列的脚本，二者岂不矛盾？

另一方面，你在6L展示的是/home/u2202183070/app/orca600/orca，但你在3L又展示了/home/u2202183070/app/orca601，连版本都不一样，二者岂不矛盾？提问时一定要描述清楚问题信息，不要混入不同问题下的报错。

az￥ · 发表于 Post on 2024-12-16 20:52:21

提交ORCA任务时，出现一下报错，具体如附件中，希望得到大家的回复，谢谢大家！

管理员注：此帖及其回帖已合并到本帖

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-12-16 21:04:10

这是重复提问吗？http://bbs.keinsci.com/thread-50576-1-1.html

az￥ · 发表于 Post on 2024-12-16 21:29:22

zjxitcc 发表于 2024-12-16 21:04
这是重复提问吗？http://bbs.keinsci.com/thread-50576-1-1.html

是的，因为上一个那个标题没有设置好
另外，上个帖子我得等一个小时才能回您，所以在这回复您吧
1、上个帖子您提出的问题是我的问题，因为那个我试了两个版本的ORCA，结果都是出现一样的报错，所以就没区分就贴上去了，真的很不好意思
2、还有，我想请问一下，如果用脚本提交任务的话，是不是就不能用/home/路径/orca test.inp > test.out 来提交任务了？是不是得用 sbatch 脚本提交任务？我是新手，好多不懂的地方，还请不要介意

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-12-16 22:20:03

az￥发表于 2024-12-16 14:29
是的，因为上一个那个标题没有设置好
另外，上个帖子我得等一个小时才能回您，所以在这回复您吧
1、上 ...

是否需要用sbatch取决于你们服务器是否有排队系统，以及是否强制用排队系统，和是否用脚本无关。这个要咨询你们服务器的管理员

Santz · 发表于 Post on 2024-12-16 23:25:09

6.0.1 正常。

az￥ · 发表于 Post on 2024-12-17 09:14:54

wzkchem5 发表于 2024-12-16 22:20
是否需要用sbatch取决于你们服务器是否有排队系统，以及是否强制用排队系统，和是否用脚本无关。这个要咨 ...

好的，谢谢

az￥ · 发表于 Post on 2024-12-17 09:17:57

Santz 发表于 2024-12-16 23:25
6.0.1 正常。

能否请教一下您是怎么来算的，我已经算过好多次了，计算都不能进行，直接就停止了

Santz · 发表于 Post on 2024-12-17 10:33:31

az￥发表于 2024-12-17 09:17
能否请教一下您是怎么来算的，我已经算过好多次了，计算都不能进行，直接就停止了

就正常的 slurm 提交计算，没什么特别的。

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[ORCA] ORCA提交任务报错

ORCA出现[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 394]报错