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[GROMACS] 求助如何在GROMACS中采用准平衡法模拟溶剂蒸发过程,在每个预定时间内随机去除溶剂

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请教各位老师,如何实现文献中提及的GROMACS模拟溶剂蒸汽退火的过程,即:如何实现随机去除一定数量的溶剂,并控制去除的速度呢?在预平衡的mdp文件中加入命令行还是额外写脚本呢?感谢老师


原文描述:采用准平衡分子动力学方法,采用NPT (P =1 bar, T = 300 K),在每个预定义的时间dt中随机从溶液中去除100个溶剂分子,以模拟溶剂蒸发过程。通过改变dt: 1 ps()100 ps()来控制蒸发速率。图中展示了溶液的快速和缓慢的演化过程。

文献地址:http://dx.doi.org/10.1016/j.cclet.2016.05.030

]VU`JSU%C~TB%]_CQG)VVMX.png (490.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

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发表于 Post on 2022-7-19 23:48:07 | 只看该作者 Only view this author
gmx没法直接实现,必须自己写诸如shell脚本/程序,跑一段停一次,自动对结构处理,然后续跑
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-24 10:34:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-19 23:48
gmx没法直接实现,必须自己写诸如shell脚本/程序,跑一段停一次,自动对结构处理,然后续跑

谢谢老师,我明白了您说的意思,并编写了脚本。出现了新的问题是我不知道如何将shell脚本和gmx联用,跑一段停一次并自动对结构进行处理的这一步骤,该如何读取跑的时间呢?

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发表于 Post on 2022-7-24 11:49:37 | 只看该作者 Only view this author
吃西瓜的佩奇 发表于 2022-7-24 10:34
谢谢老师,我明白了您说的意思,并编写了脚本。出现了新的问题是我不知道如何将shell脚本和gmx联用,跑一 ...

用shell脚本调用grompp和mdrun进行一段时间的模拟,然后用shell脚本对得到的gro文件和top文件进行修改,随机删除一些溶剂分子,然后继续调用grompp和mdrun进行模拟,循环多次。至于每次跑多长时间,可以先运行一段时间较长的,分析多长时间能产生溶剂蒸发的效果。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-25 10:47:59 | 只看该作者 Only view this author
Frozen-Penguin 发表于 2022-7-24 11:49
用shell脚本调用grompp和mdrun进行一段时间的模拟,然后用shell脚本对得到的gro文件和top文件进行修改, ...

请问老师,如何用shell脚本对top文件进行修改呢?修改的是哪一部分呢?目前我只能做到修改gro文件

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发表于 Post on 2022-7-25 12:48:43 | 只看该作者 Only view this author
吃西瓜的佩奇 发表于 2022-7-25 10:47
请问老师,如何用shell脚本对top文件进行修改呢?修改的是哪一部分呢?目前我只能做到修改gro文件

top文件最后一段是体系中每种分子的数目,因为删除了溶剂,所以要修改溶剂分子的数目

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-25 14:45:27 | 只看该作者 Only view this author
Frozen-Penguin 发表于 2022-7-25 12:48
top文件最后一段是体系中每种分子的数目,因为删除了溶剂,所以要修改溶剂分子的数目

好的,非常感谢老师

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发表于 Post on 2022-8-18 20:06:36 | 只看该作者 Only view this author
您好,请问您是用什么力场?蒸发过程跟力场有关系么?我想用OPLS-AA来做蒸发可以么?

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发表于 Post on 2022-8-18 20:09:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-19 23:48
gmx没法直接实现,必须自己写诸如shell脚本/程序,跑一段停一次,自动对结构处理,然后续跑

老师,我想用OPLS-AA力场做蒸发,可以么?

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发表于 Post on 2022-8-19 12:30:35 | 只看该作者 Only view this author
why1314 发表于 2022-8-18 20:09
老师,我想用OPLS-AA力场做蒸发,可以么?

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发表于 Post on 2022-8-19 19:44:43 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师 我尝试一下

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发表于 Post on 3 hour ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-19 23:48
gmx没法直接实现,必须自己写诸如shell脚本/程序,跑一段停一次,自动对结构处理,然后续跑

老师,像这样处理之后的到的每一步的gro文件,可以在vmd里做成连贯的动画吗

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