求助：xtb优化分子结构 分子成键不合理

niuwenjin

利用xtb对表面活性剂分子进行构象搜索，通过Molclus调用xtb用GFN2-xTB在溶剂模型下进行批量优化后并去重后，发现分子成键不合理。并在后续通过Molclus调用Gaussian与Orca进行计算后，得到的轨迹文件其中F原子游离了出来，在后续对构象静电势绘图时发现游离出的F原子静电势最小，而不是在氧原子处。

构象搜索参考链接：[url=使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 16255&fromuid=28576 (出处: 计算化学公社)]使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 16255&fromuid=28576 (出处: 计算化学公社)[/url]

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这么远哪来的成键, 推测是由于初始结构这两个原子成键了, 所以VMD在后续轨迹中也保留了这个化学键,但是实际上这个化学键不存在,只是可视化问题.

参考资料:
http://sobereva.com/534

乐平

图形显示软件（VMD，或者 GaussView 等等）显示的都不是真实的 “化学键”，只不过是连接方式而已。不要把看到的连线当化学键，也不要没看到连线就认为没有化学键。

说得更极端一些，化学键本来就不是实实在在的物质。世界上根本就没有化学键这种物质，只不过是化学家为了形象解释原子之间的关联定义出来的概念而已。本质上是原子间的距离。在某个距离范围内，某些原子的相互作用很强，好像被绑在一起，就是所谓的“化学键”。

图形显示软件（VMD，或者 GaussView 等等）也是类似地原理，如果某两个原子在某个范围内，就显示它们成键，否则就不显示连线，仅此而已。所以，只是显示而已，并不是真正的化学键。

所以，不要看连线，也不要在意那些短线。更应该关注原子间的距离。

niuwenjin

Loading0760 发表于 2024-11-27 10:13
这么远哪来的成键, 推测是由于初始结构这两个原子成键了, 所以VMD在后续轨迹中也保留了这个化学键,但是实际 ...

谢谢您的回复~   确认在初始结构这两者是没有成键的。甚至在 gfn 0 力场优化后，成键还是合理的。到构象搜索第三步就不合理了，并影响了后续静电势分布。基于这个错误的结构，后续的负电势最小值位于游离的F原子处了，不在是位于氧原子处。

niuwenjin

乐平 发表于 2024-11-27 10:20
图形显示软件（VMD，或者 GaussView 等等）显示的都不是真实的 “化学键”，只不过是连接方式而已。不要把 ...

明白您的意思了，谢谢您
但是基于这个表面看起来不合理的结构进行Gaussian优化，发现F原子 游离了出来，静电势分析不在合理
请问这个问题怎么解决呀

Loading0760

niuwenjin 发表于 2024-11-27 10:24
明白您的意思了，谢谢您
但是基于这个表面看起来不合理的结构进行Gaussian优化，发现F原子 游离了出来， ...

你输入进Gaussian的内容只有三维坐标, 在这个坐标下, 那两个原子不成键, 所以并不是"不合理成键"导致你静电势分布不合理.

sobereva

不要乱简写GFN2-xTB。而且这也根本不是力场，GFN-FF才是力场
不要上来就说什么“第四步”，谁也不知道你在说什么。如果是我写过的帖子，主动把链接贴出来，认真看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

niuwenjin

sobereva 发表于 2024-11-27 15:29
不要乱简写GFN2-xTB。而且这也根本不是力场，GFN-FF才是力场
不要上来就说什么“第四步”，谁也不知道你在 ...

sob 老师，已更正。请您审阅