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[其它程序] 求助:使用Desmond模拟蛋白后,想对其构象变化进行分析

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使用Desmond模拟蛋白后,想对其构象变化进行分析绘制一张自由能面热图。

是需要将轨迹的每一帧取出,提取C-alpha笛卡尔坐标,后续根据sobereva老师的博文(浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)中的介绍方式,进行PCA分析以及自由能热图的绘制吗?





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发表于 Post on 2024-2-25 07:59:15 | 只看该作者 Only view this author
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-25 20:40:56 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2024-11-29 16:12:54 | 只看该作者 Only view this author
请问你会了吗,可以教我一下吗

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发表于 Post on 2024-11-29 16:13:23 | 只看该作者 Only view this author

请问desmond动力学模拟之后的结果,做自由能热图,你会吗,可以教一下我吗?谢谢!

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发表于 Post on 2024-12-2 05:01:32 | 只看该作者 Only view this author
pkuchemistry 发表于 2024-11-29 16:13
请问desmond动力学模拟之后的结果,做自由能热图,你会吗,可以教一下我吗?谢谢!

我从不使用这么小众向程序,有问题都极少有人回答
用主流的GROMACS多好。了解不同程序的流行度:
2024年计算化学公社举办的计算化学程序和DFT泛函的流行程度投票结果
http://sobereva.com/706http://bbs.keinsci.com/thread-45272-1-1.html

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发表于 Post on 2024-12-5 10:51:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-2 05:01
我从不使用这么小众向程序,有问题都极少有人回答
用主流的GROMACS多好。了解不同程序的流行度:
2024 ...

这个容易操作阿,可以用面板,而且速度比较快。自动分析出结果。

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发表于 Post on 2024-12-5 11:46:05 | 只看该作者 Only view this author
pkuchemistry 发表于 2024-12-5 10:51
这个容易操作阿,可以用面板,而且速度比较快。自动分析出结果。

真正要做模拟会发现command line比慢慢用滑鼠找圖示快多了,学会就回不去了,尤其是要用同一protocol跑几个体系时。而且開GUI 也佔不少电脑的资源,不如把资源都分去模拟。

过程大概这样:
1. 只用图像介面
2. 用滑鼠太慢,敲键盘用 command line
3. 懒得每次打Command,把要用的command全copy到一个文件一行自动跑
4. 获得自己的第一个Bash脚本
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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发表于 Post on 2024-12-5 19:56:04 | 只看该作者 Only view this author
pkuchemistry 发表于 2024-12-5 10:51
这个容易操作阿,可以用面板,而且速度比较快。自动分析出结果。

有这种看法说明你还处于MD的初级阶段
对于专业做MD的,程序有GUI完全不是加分项,甚至还往往导致丧失了灵活性、令速度打折扣而成为了减分项。看看投票结果里gromacs和desmond的流行度就知道了
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发表于 Post on 2024-12-6 09:50:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-5 19:56
有这种看法说明你还处于MD的初级阶段
对于专业做MD的,程序有GUI完全不是加分项,甚至还往往导致丧失了 ...

是的,完全同意SOB老师的说法,能加个V吗,便于请教。。。

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