Gromacs模拟报错

yaochuang · 发表于 Post on 2015-3-12 17:40:23

各位老师好：
我在用gromacs做动力学模拟时，出现如下这样的错误，请老师帮我看看怎么办呢？

我试过把初始模型的尺寸加大，但是在模拟的过程中盒子不断压缩，然后还是出现这样的错误，请问老师对于这样的错误我应该从哪一方面入手去修改呢？
谢谢！

使用的力场是UFF力场，这是我的mdp文件。

sobereva · 发表于 Post on 2015-3-12 18:03:22

最好贴出模拟的体系。

一般可以把模拟体系本身弄得大一些，或者若情况允许则改用NVT。
也可以尝试调节下mdrun的-dd参数

yaochuang · 发表于 Post on 2015-3-12 18:26:15

sobereva 发表于 2015-3-12 18:03
最好贴出模拟的体系。

一般可以把模拟体系本身弄得大一些，或者若情况允许则改用NVT。

初始模型我使用Packmol建立的，是把180个PVK和30个FIrpic放到10*10*10 nm的cubic中：

FIrpic和PVK5的结构如下：

我测了一下优化后的PVK5的体积大概是1.4*0.8*0.8 nm；FIrpic体积大概是1.1*1.1*0.8 nm。

sob老师，我还需要进一步加大体系的体积吗？因为在当前这个体积下，跑MD过程中已经跑了有15000步了，而且体系的体积是不断减小的。

sobereva · 发表于 Post on 2015-3-12 18:29:44

可以加大点，反正当前也不大。要么就调dd。如果是gmx4，mdrun可以用-pd避免此问题。

yaochuang · 发表于 Post on 2015-3-13 10:10:11

sobereva 发表于 2015-3-12 18:29
可以加大点，反正当前也不大。要么就调dd。如果是gmx4，mdrun可以用-pd避免此问题。

谢谢sob老师，我再试试。

yaochuang · 发表于 Post on 2015-3-13 16:23:21

sobereva 发表于 2015-3-12 18:29
可以加大点，反正当前也不大。要么就调dd。如果是gmx4，mdrun可以用-pd避免此问题。

sob老师，我把体系调为了15*15*15 nm大小然后从新跑，又出现了新的错误，你帮我看看！谢谢！

从初始结构看，体系已经很松散了，在跑MD的时候体系的形状变的很奇怪，已经看不出是立方盒子了。在建立盒子的时候我用的是cubic参数。

这是初始结构

这是报错停止时候的结构

sobereva · 发表于 Post on 2015-3-13 16:41:02

你的初始结构实在太松散了，如果用控压，一旦跑起来，肯定会发生聚集，盒子也立刻迅速变小，这样很容易出问题。
初始结构应该比较致密才对。
如果本身就不需要模拟体相，还不如就在真空下跑。

yaochuang · 发表于 Post on 2015-3-13 17:07:39

sobereva 发表于 2015-3-13 16:41
你的初始结构实在太松散了，如果用控压，一旦跑起来，肯定会发生聚集，盒子也立刻迅速变小，这样很容易出问 ...

需要体相结构，看来还是只能利用以前的体系。

sob老师我可不可先将体系在NVT条件下跑一段时间，然后再在NPT条件下跑MD呢？

sobereva · 发表于 Post on 2015-3-13 19:06:24

NVT不解决什么问题。还是应当packmol弄初始结构的时候把体系弄得致密一些，要么盒子小点，要么分子多点。否则一控压，盒子迅速收缩，很容易出问题。

yaochuang · 发表于 Post on 2015-3-14 08:57:00

sobereva 发表于 2015-3-13 19:06
NVT不解决什么问题。还是应当packmol弄初始结构的时候把体系弄得致密一些，要么盒子小点，要么分子多点。否 ...

好的，谢谢！

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