求助：关于平衡分子动力学和非平衡分子动力学概念的理解

ocbrother · 发表于 Post on 2021-3-24 16:38:58

各位老师，今天和师兄讨论时谈到了平衡分子动力学（EMD）和非平衡分子动力学（NEMD）。师兄认为，EMD在体系跑到平衡之前来研究分子的运动轨迹是没有意义的，这只是一个不断迭代的过程，不能反映分子真实的运动，因此如果想研究分子扩散运动的轨迹，要么用EMD跑到平衡之后在分析轨迹，要么采用NEMD来模拟。我想问问，比如是一个金属表面有机小分子吸附的情况，在MS的EMD在没平衡前，有机小分子也是朝着金属表面运动，难道没平衡前朝着金属表面运动的这个过程也是假的，没有意义的吗。

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-3-24 20:58:54

表示完全不知道你和你师兄在表达什么。。。

平衡过程一般是体系在模拟时间尺度内，体系在多个态间可逆变化
没达到平衡之前都是非平衡过程

除非施加个外力（比如SMD），不然一个过程到不到平衡只和体系性质和模拟时间有关，还能由得选的？

ocbrother · 发表于 Post on 2021-3-24 21:08:38

fhh2626 发表于 2021-3-24 20:58
表示完全不知道你和你师兄在表达什么。。。

平衡过程一般是体系在模拟时间尺度内，体系在多个态间可逆变 ...

谢谢你的回答。可能是我表述有误。
比如说针对MS的某个EMD过程，在体系跑到平衡前，MS也能播放动画来描述分子在运动的状态，师兄认为如果是EMD的话，那么这个描述的分子未平衡状态只是一个反复迭代的过程，并没有实际意义，也不是分子实际的运动的轨迹

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-25 07:38:22

无论是否跑到平衡，轨迹都体现了当前状态下分子的真实运动（前提是结合合适的力场和模拟参数），因为就是按照物理上严格的牛顿力学公式确定的运动轨迹

如果只能取平衡后的轨迹来研究，自然就不可能研究任何非平衡过程，诸如你要考察的小分子朝着金属表面的运动、两相物质互溶过程等。

你师兄理解有问题，或者沟通有问题

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-3-25 09:52:21

ocbrother 发表于 2021-3-24 21:08
谢谢你的回答。可能是我表述有误。
比如说针对MS的某个EMD过程，在体系跑到平衡前，MS也能播放动画来描 ...

有实际意义，也是在你模拟的条件下分子实际运动的轨迹

ocbrother · 发表于 Post on 2021-3-25 10:30:58

sobereva 发表于 2021-3-25 07:38
无论是否跑到平衡，轨迹都体现了当前状态下分子的真实运动（前提是结合合适的力场和模拟参数），因为就是按 ...

谢谢sob老师。

ocbrother · 发表于 Post on 2021-3-25 10:31:08

fhh2626 发表于 2021-3-25 09:52
有实际意义，也是在你模拟的条件下分子实际运动的轨迹

谢谢老师

ljh123 · 发表于 Post on 2024-12-20 17:27:37

sobereva 发表于 2021-3-25 07:38
无论是否跑到平衡，轨迹都体现了当前状态下分子的真实运动（前提是结合合适的力场和模拟参数），因为就是按 ...

sob老师，我之前一直在做DFT静态计算，最近刚接触分子动力学，想请教下这里的“平衡和非平衡”的意思。这个平衡指的是化学反应的那种平衡吗（比如A和B反应，当A和B都达到产物态平衡结构时）？还是说是属于分子动力学范畴的某种平衡？

sobereva · 发表于 Post on 2024-12-21 04:22:59

ljh123 发表于 2024-12-20 17:27
sob老师，我之前一直在做DFT静态计算，最近刚接触分子动力学，想请教下这里的“平衡和非平衡”的意思。这 ...

动力学范畴的平衡
看下文
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

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