Gromacs模拟有机小分子体系出现LINCS warnings和segmentation fault

lrl · 发表于 Post on 2024-5-8 15:13:39

本帖最后由 lrl 于 2024-5-8 21:43 编辑

各位老师好！
我的模拟体系中有纤维素、半纤维素、木质素（均使用简化模型）和木质素磺酸钠、氢氧化钠，在473K下进行模拟，分子模型均为自己使用Gaussview构建，在B3LYP-D3 (BJ)/def2-TZVP进行几何优化，使用sobtop生成拓扑文件。使用RESP电荷。
进行能量最小化后，使用NPT平衡，然后NVT试跑2 ps后，开始跑成品，在本地模拟2500多万步时出现Too many LINCS warnings报错，使用服务器模拟在2100多万步时出现segmentation fault报错，根据sob老师的

http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

的解决方法做了以下排查：
1. 将试跑mdp的步长减小到0.1fs进行测试。
2. 将单个有机小分子在水溶液中进行了0.1ns的模拟，在VMD中观察运动轨迹，没有观察到分子跑散、结构过度扭转等异常。
3. 检查了itp文件，但本人在分子力场方面的知识不够精，没有检查出哪里有异常。

请教一下各位老师、前辈，我的这个模拟体系的构建是否合理？这种情况该从哪里入手解决？

NPT平衡MDP

NPTtest.mdp (694 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 6)

NVT成品MDP

NVT200.mdp (682 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4)

NVT试跑MDP

NVTtest200.mdp (679 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3)

能量极小化MDP

Tem.mdp (444 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 6)

木质素磺酸钠

slignin.itp (42.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

半纤维素

hemi.itp (37 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

纤维素

cellulose.itp (45.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

钠离子

na.itp (386 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)

木质素

MZS.itp (32.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

top文件

ggbox2.top (1.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-8 18:43:57

尝试用1fs步长模拟。此时也用不着constraints = hbonds
仔细观察轨迹，看是否有异样，特别是断掉之前的情况
Na+用ions.itp里的定义就完了，没必要用sobtop产生

每次上传一堆文件时主动说清楚各个文件都对应什么免得别人猜

lrl · 发表于 Post on 2024-5-8 21:39:46

sobereva 发表于 2024-5-8 18:43
尝试用1fs步长模拟。此时也用不着constraints = hbonds
仔细观察轨迹，看是否有异样，特别是断掉之前的情 ...

好的，感谢sob老师指点，我马上去试试
我第一次上传文件，填写了备注，是鼠标放在文件上会显示文件的名称，现在已经重新修改了，非常抱歉给您带来不便

t675210552 · 发表于 Post on 2024-12-9 22:48:48

你好，我目前在做一个与你极其类似而体系，也是同样提示too many lincs warnings (20005)，不知道你的问题是否已经解决，如何解决的，请教一下！

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