使用molclus调用ORCA进行优化时速度很慢的问题

Meso_Alt · 发表于 Post on 2024-12-6 09:55:50

在使用molclus调用ORCA对一个带有25个水分子与1个5-HT分子构成的团簇进行结构优化时速度很慢，在对多巴胺分子进行类似操作时只需要5小时左右，但是此任务已经运行了2天且只有61帧。
为什么会出现这种情况，我又应该如何解决？

附上molclus设置文件setting.ini与ORCA输入文件orca.inp与目前为止的输出轨迹文件orca_trj.xyz，由于文件传输大小限制，无法传输ORCA输出文件orca.out

Meso_Alt · 发表于 Post on 2024-12-6 10:46:51

已经经过MOPAC进行过一轮优化，初始结构由genmer生成，出现问题的地方为使用ORCA进行第二轮优化时
曾经手动建立团簇进行过实验，十几个水分子+完全没有道理的初始构象也只花费了2天左右时间并且跑了200帧上下
所有上述提到的ORCA计算均采用r2SCAN-3c方法，MOPAC均采用PM7级别
想按照http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html所述试着加一个80步的步数限制，但是并不懂如何在ORCA输入文件中加入步数上限

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-12-6 15:16:59

DFT计算速度大体和基函数数目的2~3次方成正比，构象/构型数更是和体系大小成指数关系，体系增大一倍构型搜索慢10倍也很正常

sobereva · 发表于 Post on 2024-12-7 04:28:31

做构象搜索要有基本的量子化学计算常识，慢不慢这种事都要根据量子化学计算常识判断
CPU慢、体系大、优化遇到难收敛，都会造成耗时高
85个原子体系，就区区4核，用r2SCAN-3c级别优化能不慢才怪
先用GFN2-xTB初步筛选，找个像样的双路服务器用B97-3c对初筛后保留的结构（通常也就一、二十个）进一步优化，用不了多少时间
非常不推荐r2SCAN-3c用于优化目的，耗时比B97-3c高很多而又没有明显额外好处

Meso_Alt · 发表于 Post on 2024-12-7 20:10:11

感谢各位老师，原来是忘记改核数了……

MercuryLamp · 发表于 Post on 2024-12-8 17:32:12

本帖最后由 MercuryLamp 于 2024-12-8 17:33 编辑

sobereva 发表于 2024-12-7 04:28
做构象搜索要有基本的量子化学计算常识，慢不慢这种事都要根据量子化学计算常识判断
CPU慢、体系大、优化 ...

老师，借楼请教一下，我在看您之前的一些博文（如盘点Grimme迄今对理论化学的贡献和谈谈ORCA 5.0的新特性和改变）中提到

建议r2SCAN-3c能算得动的情况一律用它代替B97-3c。

为什么现在不推荐了呢？

sobereva · 发表于 Post on 2024-12-8 17:34:23

MercuryLamp 发表于 2024-12-8 17:32
老师，借楼请教一下，我在看您之前的一些博文（如盘点Grimme迄今对理论化学的贡献和谈谈ORCA 5.0的新特性 ...

那是对计算单点而言的。本来opt freq对计算级别的要求就显著低于单点计算。另外，如今即便做单点我也不推荐用r2SCAN-3c，用wB97X-3c明显更为理想，尤其是纯泛函离域性误差问题严重的时候。总的来说r2SCAN-3c如今的用处非常有限。

MercuryLamp · 发表于 Post on 2024-12-8 17:41:47

sobereva 发表于 2024-12-8 17:34
那是对计算单点而言的。本来opt freq对计算级别的要求就显著低于单点计算。另外，如今即便做单点我也不推 ...

好的，谢谢老师

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