求助make_ndx无法创建新的组

pwk555

请问各位老师一个简单的问题，我初次接触分子动力学，需要模拟蛋白质和小分子配体的反应。目前已经通过卢天老师的指导课程进行到gmx make_ndx -f pr.gro 这个步骤，但是怎么样都无法创建新的组，我想将蛋白质，小分子还有铜离子构建成一个组，即1 13 14，但是当我输入命令，并没有产生新的组，我的朋友用他的电脑就可以产生新的组，不知道是否是因为我的gromacs版本或者安装的问题，请问有老师遇到过相似的情况吗？
我的gromacs版本是2024.1 支持gpu=cuda，打开了这个mpi应用，到底是啥原因没办法分组啊，麻烦各位大佬了

pwk555

这个是我的gromacs版本信息：

GROMACS version:     2024.3
Precision:           mixed
Memory model:        64 bit
MPI library:         none
OpenMP support:      enabled (GMX_OPENMP_MAX_THREADS = 128)
GPU support:         CUDA
NBNxM GPU setup:     super-cluster 2x2x2 / cluster 8
SIMD instructions:   AVX2_256
CPU FFT library:     fftw-3.3.8-sse2-avx-avx2-avx2_128
GPU FFT library:     cuFFT
Multi-GPU FFT:       none
RDTSCP usage:        enabled
TNG support:         enabled
Hwloc support:       disabled
Tracing support:     disabled
C compiler:          /usr/bin/cc GNU 13.2.0
C compiler flags:    -fexcess-precision=fast -funroll-all-loops -mavx2 -mfma -Wno-missing-field-initializers -O3 -DNDEBUG
C++ compiler:        /usr/bin/c++ GNU 13.2.0
C++ compiler flags:  -fexcess-precision=fast -funroll-all-loops -mavx2 -mfma -Wno-missing-field-initializers -Wno-cast-function-type-strict SHELL:-fopenmp -O3 -DNDEBUG
BLAS library:        Internal
LAPACK library:      Internal
CUDA compiler:       /usr/local/cuda-12.6/bin/nvcc nvcc: NVIDIA (R) Cuda compiler driver;Copyright (c) 2005-2024 NVIDIA Corporation;Built on Wed_Aug_14_10:10:22_PDT_2024;Cuda compilation tools, release 12.6, V12.6.68;Build cuda_12.6.r12.6/compiler.34714021_0
CUDA compiler flags:-std=c++17;--generate-code=arch=compute_50,code=sm_50;--generate-code=arch=compute_52,code=sm_52;--generate-code=arch=compute_60,code=sm_60;--generate-code=arch=compute_61,code=sm_61;--generate-code=arch=compute_70,code=sm_70;--generate-code=arch=compute_75,code=sm_75;--generate-code=arch=compute_80,code=sm_80;--generate-code=arch=compute_86,code=sm_86;--generate-code=arch=compute_89,code=sm_89;--generate-code=arch=compute_90,code=sm_90;-Wno-deprecated-gpu-targets;--generate-code=arch=compute_53,code=sm_53;--generate-code=arch=compute_80,code=sm_80;-use_fast_math;-Xptxas;-warn-double-usage;-Xptxas;-Werror;-D_FORCE_INLINES;-Xcompiler;-fopenmp;-fexcess-precision=fast -funroll-all-loops -mavx2 -mfma -Wno-missing-field-initializers -Wno-cast-function-type-strict SHELL:-fopenmp -O3 -DNDEBUG
CUDA driver:         12.60
CUDA runtime:        12.60

sobereva

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “make_ndx 创建新的组” 改了，以后务必注意！

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

sobereva

仔细看清楚屏幕上的提示。不同版本gromacs产生的默认的组的种类和序号都有可能不同，一定要按照当前屏幕上的显示选择对应的组。你的版本和培训里用的2018.8明显不同，所以不要什么情况都直接照抄我讲义上的命令，要根据实际提示随机应变。

pwk555

sobereva 发表于 2024-12-10 08:20
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

不好意思卢老师，我这是第一次发帖子，不知道为啥会置顶。。。以后一定会注意，谢谢提醒

pwk555

sobereva 发表于 2024-12-10 08:22
仔细看清楚屏幕上的提示。不同版本gromacs产生的默认的组的种类和序号都有可能不同，一定要按照当前屏幕上 ...

卢老师我已经根据我需要的组的种类和编号选择，还是无法生成新组，而且也查阅了许多解决方法，均无法解决该问题，我只是想生成新的组，但是貌似24版的gromacs实在没法根据gmx make_ndx -f xx.gro 这个指令实现，还是24版的gromacs需要增加如何的操作才能实现吗？请老师解惑，或者说最好卸载安装22版或者18版的gromacs去进行模拟？谢谢

Yaocy

楼主尝试输入

1. 1|13|14 [回车] [回车]

复制代码

试一试？第二次回车之后也许会展示新编辑的这个组

sobereva

pwk555 发表于 2024-12-10 17:38
卢老师我已经根据我需要的组的种类和编号选择，还是无法生成新组，而且也查阅了许多解决方法，均无法解决 ...

一律以相应版本程序在屏幕上的提示为准。如果你怀疑版本有bug，那就用其它版本的gromacs产生索引文件